raw_data_list是一个large list数据,删除raw_data_list$GSM5075678_p020t.tsv
时间: 2024-07-01 14:00:42 浏览: 134
`raw_data_list`是一个大型的数据列表,通常包含多个文件或数据项,比如可能是某种数据格式(如TSV)的文件名列表。当你提到`raw_data_list$GSM5075678_p020t.tsv`,这看起来像是列表中的一个元素,表示某个特定的TSV文件,其中`GSM5075678`可能是一个标识符,`p020t`可能代表文件的一个版本或标签。
如果你想要从`raw_data_list`中删除这个特定的文件,你可以使用适当的数据结构操作方法,比如在Python中,你可以这样操作:
```python
if "GSM5075678_p020t.tsv" in raw_data_list:
raw_data_list.remove("GSM5075678_p020t.tsv")
```
或者在其他支持列表操作的编程语言中,你会找到相应的移除元素的方法。
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帮我解读下这个代码:import csv import os import numpy as np import pandas as pd import pymysql from pymysql import connect # %% # drug_table = pd.read_excel('./data/drug.xlsx') drug_table_an = pd.read_excel('./data/mimiciv_feature_info.xlsx', sheet_name='antibiotic') drug_table_sa = pd.read_excel('./data/mimiciv_feature_info.xlsx', sheet_name='sedatives_and_analgesics') drug_table_co = pd.read_excel('./data/mimiciv_feature_info.xlsx', sheet_name='anticoagulant') prescriptions = pd.read_csv('/data/check_in/EHR_data/MIMIC_III/CSV/PRESCRIPTIONS.csv') item = pd.read_csv('/data/check_in/EHR_data/MIMIC_III/CSV/D_ITEMS.csv') labitem = pd.read_csv('/data/check_in/EHR_data/MIMIC_III/CSV/D_LABITEMS.csv') columns_pre = prescriptions.columns.tolist() columns_item = item.columns.tolist() columns_labitem = labitem.columns.tolist() # drugs = (drug_table['anticoagulant'].to_list()+drug_table['antiplatelet'].to_list())[:-4] drugs = ['barbital' ,'zepam' ,'zolam' ,'zolpidem' ,'propofol' ,'dexmedetomidine' ,'pentobarbital' ,'clonazepam' ,'alprazolam' ,'estazolam' ,'Zolpidem Tartrate'] drug_test_tsv = open('drug_patients_sedative.csv', 'w', newline='', encoding='utf-8') drug_test = csv.writer(drug_test_tsv, delimiter=',') drug_test.writerow(columns_pre) item_test_tsv = open('item_patients_sedative.csv', 'w', newline='', encoding='utf-8') item_test = csv.writer(item_test_tsv, delimiter=',') item_test.writerow(columns_item) labitem_test_tsv = open('labitem_patients_sedative.csv', 'w', newline='', encoding='utf-8') labitem_test = csv.writer(labitem_test_tsv, delimiter=',') labitem_test.writerow(columns_labitem) # import pdb;pdb.set_trace() for drug in drugs: # print(type(drug)) sql = "select * FROM PRESCRIPTIONS where drug like '%"+ drug + "%' or drug_name_poe like '%"+ drug + "%' or drug_name_generic like '%"+ drug + "%'" print(sql) conn = connect(host='127.0.0.1', port=3306, user='root', passwd='root', db='mimiciii') cursor = conn.cursor() cursor.execute(sql) data_tmp = cursor.fetchall() # print(data_tmp is None) if len(data_tmp) != 0: for data_cur in data_tmp: print(data_cur[1], data_cur[2], data_cur[3], data_cur[7], data_cur[8], data_cur[9]) drug_test.writerow(list(data_cur)) # import pdb;pdb.set_trace() for drug in drugs: # print(type(drug)) sql = "select * FROM D_ITEMS where label like '%{}%'" .format(drug) print(sql) conn1 = connect(host='127.0.0.1', port=3306, user='root', passwd='root', db='mimiciii') cursor1 = conn1.cursor() cursor1.execute(sql) data_tmp = cursor1.fetchall() if len(data_tmp) != 0: for data_cur in data_tmp: print(data_cur[1], data_cur[2]) item_test.writerow(list(data_cur)) # import pdb;pdb.set_trace() for drug in drugs: # print(type(drug)) sql = "select * FROM D_LABITEMS where label like '%{}%'" .format(drug) print(sql) conn1 = connect(host='127.0.0.1', port=3306, user='root', passwd='root', db='mimiciii') cursor1 = conn1.cursor() cursor1.execute(sql) data_tmp = cursor1.fetchall() if len(data_tmp) != 0: for data_cur in data_tmp: print(data_cur[1], data_cur[2]) labitem_test.writerow(list(data_cur)) # import pdb;pdb.set_trace() # %% import pandas as pd drug = pd.read_csv('drug_patients_sedative.csv') print(drug.DRUG.unique()) # %% print(drug.DRUG_NAME_POE.unique()) # %% print(drug.DRUG_NAME_GENERIC.unique()) # %%
这段代码是Python语言的导入模块语句,它导入了csv、os、numpy、pandas和pymysql等模块,并从pymysql模块中导入connect函数。这些模块提供了各种功能,如读写CSV文件、操作操作系统、进行数值计算、处理数据和连接MySQL数据库等。
zjz.data <- Read10X(data.dir = "GSE230192_RAW") Error in Read10X(data.dir = "GSE230192_RAW") : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz
这个错误是因为在运行 `Read10X()` 函数时,缺少了名为 `barcodes.tsv.gz` 的文件。`Read10X()` 函数是用于读取10x Genomics数据的函数,需要提供包含 `barcodes.tsv.gz`、`genes.tsv.gz` 和 `matrix.mtx.gz` 这三个文件的目录。
请确保你的目录中包含了这三个文件,并且相对于R工作目录的路径是正确的。你可以使用 `list.files()` 函数来检查目录中的文件列表,确认这三个文件是否存在。如果缺少了 `barcodes.tsv.gz` 文件,你需要找到正确的文件,并将其放置在正确的目录中,以便 `Read10X()` 函数能够正常读取数据。
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