在Windows 7系统上如何设置环境变量以确保NAMD和VMD命令行工具的全局调用，并介绍在命令行中加载分子结构文件的基本步骤？

要在Windows 7系统上运行命令行版本的NAMD和VMD，首先需要正确设置环境变量。这将允许你在任何目录下通过命令行调用这两个软件。请按照以下步骤操作：

参考资源链接：[NAMD与VMD安装及使用教程](https://wenku.csdn.net/doc/6tnzodh1dz?spm=1055.2569.3001.10343)

1. 右键点击“计算机”，选择“属性”，然后点击“高级系统设置”。
2. 在系统属性窗口中，点击“环境变量”按钮。
3. 在“系统变量”区域，找到名为`Path`的变量，如果不存在则新建，如果已存在则编辑。
4. 在`Path`变量的值中添加NAMD和VMD的安装目录路径。例如，如果你将软件安装在`C:\Program Files\NAMD`和`C:\Program Files\VMD`，则需要添加这两个路径。
5. 确保路径以分号（;）隔开，并且没有空格。如`C:\Program Files\NAMD;C:\Program Files\VMD`。
6. 点击确定保存设置，并关闭所有系统属性窗口。

完成以上设置后，你可以通过命令行启动NAMD和VMD。例如，打开命令提示符或PowerShell，输入以下命令启动VMD：

或者使用以下命令启动NAMD，假设你有配置文件`myconfig.conf`：

要加载分子结构文件，你可以在VMD中使用其图形界面，或者通过命令行使用Tcl脚本。例如，加载一个名为`myprotein.pdb`的PDB文件和一个名为`myprotein.psf`的PSF文件，可以在VMD的命令行界面中输入：

其中`load_molecule.vmd`是一个Tcl脚本文件，内容如下：

mol new myprotein.pdb
mol addfile myprotein.psf

通过上述步骤，你可以在命令行中成功设置环境变量并运行NAMD和VMD，同时加载并分析分子结构文件。为了进一步学习这两个工具的高级应用，建议参阅《NAMD与VMD安装及使用教程》，这本书提供了更详细的安装和使用指南，帮助你深入掌握分子动力学模拟的技巧。

参考资源链接：[NAMD与VMD安装及使用教程](https://wenku.csdn.net/doc/6tnzodh1dz?spm=1055.2569.3001.10343)