从GEO中下载RNA-seq

从GEO (Gene Expression Omnibus) 下载RNA-seq数据通常需要几个步骤：

1. **登录GEO**: 访问 NCBI 的 Gene Expression Omnibus 网站 (<https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/>)，使用你的账户登录，如果没有，可以创建一个新的账号。

2. **搜索项目**：在首页，你可以通过关键词、系列号 (GSE) 或者实验类型找到相关的RNA-seq研究项目。输入“RNA-seq”并筛选结果。

3. **选择项目**：找到感兴趣的项目后，点击项目条目进入详细页面查看，确认数据集是否满足你的需求。

4. **获取访问号**：对于可用的数据集，会有相应的GSM/GCF accession号，这是下载数据的关键标识。

5. **下载数据**：
- 使用`GEOquery`库 (R语言) 或 `pyGEOparse` (Python) 这样的工具，在命令行或编程环境中下载。比如在R中，你可以这样做：

     library(GEOquery)
     gse <- getGEO("GSEXXXX", destdir = "your_data_directory")

- 如果直接下载，通常会得到GZIP压缩的CEL文件或其他格式，需要进一步处理成FASTQ或SRA等更便于分析的格式。

6. **数据预处理**：下载的原始数据通常需要进行归一化、质量控制以及转录组组装等步骤，这通常涉及到其他生物信息学软件如`DESeq2`, `Trimmomatic`, `hisat2`等。

7. **检查数据**：对处理后的数据进行初步的质量检查，确保测序质量和表达水平合理。