PDB文件的三维结构比对

PDB文件的三维结构比对可以使用BioPython库中的Bio.PDB.Superimposer模块来实现。首先，需要从PDB文件中解析出两个蛋白质的结构，可以使用PDBParser()函数来完成。例如，使用parser.get_structure()函数可以得到两个structure类对象，分别表示两个蛋白质的结构\[1\]\[2\]。然后，可以使用Superimposer类来进行结构比对。Superimposer类提供了align()方法，可以将两个结构进行最佳匹配，并计算出最佳匹配的旋转和平移矩阵。最后，可以使用Superimposer类的rms属性来获取均方根偏差(RMSD)值，表示两个结构之间的结构差异\[2\]。
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [蛋白质结构信息获取与解析（基于Biopython）](https://blog.csdn.net/weixin_60737527/article/details/126152198)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
[ .reference_list ]