假如我有1000个基因树文件，想要用ete3模块的t.prune()函数对这1000个基因树进行修剪，需要修剪的一个组合以["taxa1","taxa2","taxa3","taxa4"]的格式，每个基因树有多个组合放在以基因名称命名的txt文件中，其中每一行为一个组合，每一个基因树修剪出来的所有组合用t.write()这个函数放在一个txt文件中，文件名称以”基因名+prune“命名，请问我如何写符合以上要求的python脚本？

这是一道技术性问题，我可以回答。首先，你需要安装ete3模块。然后，你可以编写一个Python脚本来自动化这个过程。以下是一个可能的解决方案：

from ete3 import Tree

# 定义修剪函数
def prune_tree(tree_file, combo):
    t = Tree(tree_file)
    t.prune(combo)
    return t

# 读取组合文件
def read_combos(combo_file):
    combos = []
    with open(combo_file) as f:
        for line in f:
            combo = line.strip().split(',')
            combos.append(combo)
    return combos

# 修剪所有基因树并写入文件
def prune_all_trees(tree_files, combo_file, output_file, gene_name):
    combos = read_combos(combo_file)
    with open(output_file, 'w') as f:
        for combo in combos:
            for tree_file in tree_files:
                gene = tree_file.split('.')[0]
                if gene == gene_name:
                    t = prune_tree(tree_file, combo)
                    f.write('# {} {}\n'.format(gene, ','.join(combo)))
                    f.write('{}\n'.format(t.write()))
                    f.write('\n')

# 运行脚本
tree_files = ['tree1.nwk', 'tree2.nwk', ..., 'tree1000.nwk']
combo_file = 'combos.txt'
output_file = 'gene_name prune.txt'
gene_name = 'gene_name'
prune_all_trees(tree_files, combo_file, output_file, gene_name)

在这个脚本中，我们定义了一个prune_tree函数来修剪单个基因树。read_combos函数用于读取组合文件。最后，我们定义了prune_all_trees函数来遍历所有基因树和组合，以修剪基因树并将结果写入文件。请将"tree1.nwk"和"tree2.nwk"等替换为你自己的基因树文件名，将"combos.txt"替换为你自己的组合文件名，并将"gene_name"替换为你想要修剪的基因名称。如果需要，你也可以调整输出文件的格式。