假如我有1000个基因树文件，想要用ete3模块的t.prune()函数对这1000个基因树进行修剪，需要修剪的组合列表放在以基因名称命名的txt文件中，每一个基因树修剪出来的所有组合用t.write()这个函数放在一个txt文件中，文件名称以”基因名+prune“命名，请问我如何写符合以上要求的python脚本？

以下是可能的Python脚本：

from ete3 import Tree

# 基因树文件夹路径
gene_tree_folder = "/path/to/gene/tree/folder/"
# 修剪列表文件夹路径
prune_list_folder = "/path/to/prune/list/folder/"
# 输出文件夹路径
output_folder = "/path/to/output/folder/"

# 循环处理每一个基因树文件
for gene_tree_file in os.listdir(gene_tree_folder):
    # 仅处理后缀为 ".tre" 的文件
    if not gene_tree_file.endswith(".tre"):
        continue

    # 读入基因树
    gene_tree = Tree(os.path.join(gene_tree_folder, gene_tree_file))

    # 读入修剪列表
    prune_list_file = os.path.join(prune_list_folder, gene_tree_file.replace(".tre", ".txt"))
    prune_list = []
    with open(prune_list_file) as f:
        for line in f:
            # 去掉首尾空格和换行符，并按空格分隔
            pruned_taxa = line.strip().split()
            prune_list.append(pruned_taxa)

    # 循环处理每一个修剪组合
    for i, pruned_taxa in enumerate(prune_list):
        # 使用 t.prune() 函数修剪基因树
        pruned_tree = gene_tree.copy()
        pruned_tree.prune(pruned_taxa)

        # 将修剪后的树保存到文件
        output_file = os.path.join(output_folder, f"{gene_tree_file.replace('.tre', '')}_prune{i}.txt")
        pruned_tree.write(format=1, outfile=output_file)

        print(f"Gene tree {gene_tree_file}, prune combination {i}: Done.")

此脚本依赖以下Python库：

- ete3
- os

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