label=label/np.max(label[:,:,2])*255 label[:,:,0]=label[:,:,1]=label[:,:,2] print(np.max(label[:,:,2])) # cv2.imshow('l',label) # cv2.waitKey(0) print(set(label.ravel()))

时间: 2023-04-07 22:04:18 浏览: 111
这段代码的作用是将标签图像的第三个通道的像素值除以该通道的最大值,然后乘以255,得到一个新的像素值,赋给标签图像的每个像素点的三个通道。接着将标签图像的第一个和第二个通道的像素值都赋为第三个通道的像素值。最后打印出标签图像第三个通道的最大值。
相关问题

这段代码在运行时import SimpleITK as sitkimport numpy as npimport os# 设置文件路径data_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/LiTS2017/'save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017/'if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path)# 定义函数将3D图像保存为2D的.png格式def save_image_as_png(image, save_folder, name_prefix): for i in range(image.shape[2]): slice = np.squeeze(image[:, :, i]) slice = slice.astype(np.float32) slice *= 255.0/slice.max() slice = slice.astype(np.uint8) save_name = os.path.join(save_folder, name_prefix + '_' + str(i) + '.png') sitk.WriteImage(sitk.GetImageFromArray(slice), save_name)# 读取Training Batch 1中的图像image_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 1/volume-0.nii')image = sitk.ReadImage(image_path)image_array = sitk.GetArrayFromImage(image)save_folder = os.path.join(save_path, 'image')if not os.path.exists(save_folder): os.makedirs(save_folder)save_image_as_png(image_array, save_folder, 'img')# 读取Training Batch 2中的标签label_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 2/segmentation-0.nii')label = sitk.ReadImage(label_path)label_array = sitk.GetArrayFromImage(label)# 将标签转换为灰度图并保存label_array[label_array == 1] = 128label_array[label_array == 2] = 255save_folder = os.path.join(save_path, 'mask')if not os.path.exists(save_folder): os.makedirs(save_folder)save_image_as_png(label_array, save_folder, 'mask')会出现RuntimeWarning: divide by zero encountered in true_divide slice *= 255.0/slice.max()这种情况,修复它

这个 RuntimeWarning 出现的原因是可能存在某些切片上所有像素都是 0,导致在计算 `slice.max()` 时出现了除以 0 的情况。解决这个问题的方法是在计算 `slice.max()` 之前,先判断 `slice` 是否全为 0,如果是,则将 `slice.max()` 设为 1。修改代码如下: ```python def save_image_as_png(image, save_folder, name_prefix): for i in range(image.shape[2]): slice = np.squeeze(image[:, :, i]) slice = slice.astype(np.float32) if slice.max() == 0: max_val = 1 else: max_val = slice.max() slice *= 255.0/max_val slice = slice.astype(np.uint8) save_name = os.path.join(save_folder, name_prefix + '_' + str(i) + '.png') sitk.WriteImage(sitk.GetImageFromArray(slice), save_name) ``` 这样修改后,即使出现某些切片上所有像素都是 0 的情况,也不会出现除以 0 的错误了。

from PIL import Image import os import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt image_directory = './lty/bird-species/valid/AMERICAN BITTERN' img_size = 224 images = [] for filename in os.listdir(image_directory): path = os.path.join(image_directory, filename) img = Image.open(path) img = img.resize((img_size, img_size)) images.append(img) images = np.array([np.array(img) for img in images]) images = images / 255.0 predictions = model.predict(images) # Select image to display img_index = 0 # Get predicted class label class_label = np.argmax(predictions[img_index]) # Display image and predicted class label plt.imshow(images[img_index]) plt.axis('off') plt.title('Predicted class: ' + str(class_label)) plt.show()什么意思

这段代码是一个用于图像分类的机器学习程序,它使用了Python中的PIL库、numpy库和matplotlib库。程序读取一个指定目录下的一系列图片,并将它们的大小都调整为224x224像素。接着,程序将这些图片转换成numpy数组,并将每个像素值都归一化到0到1之间。最后,程序通过调用训练好的模型,对这些图片进行分类,得到它们可能属于哪个类别的概率。程序将其中一个图片和它的预测结果展示出来。
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import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from obspy import read # 读取面波数据并画图。 st = read('MASW_DATA/Sample_Data/*.SAC') dt = st[0].stats.delta data = [] scale = 0.05 dx = 2 plt.figure(figsize=(8, 6)) for i, tr in enumerate(st): d = tr.data data.append(d) t = np.arange(len(d)) * dt plt.plot(t, d*scale+(i+1)*dx, lw=1, color='b') plt.xlabel('Time (s)') plt.ylabel('Offset (m)') plt.tight_layout() plt.savefig('Surface_wave.png') plt.show() # 二维FFT。 d = np.array(data) n = len(d[0]) # m为空间方向的采样点数,m增大可以让FK谱光滑一点,以达到插值效果。 m = len(d[:, 0]) * 5 D = np.zeros((m, n)) D[:len(d[:, 0])] = d # 时间采样率。 fs = 1 / dt # 空间采样率 xs = 1 / dx # 频率 (赫兹)。 f = np.arange(-n//2, n//2) * fs / (n-1) # 波数 (每米)。 k = 2 * np.pi * np.arange(-m//2, m//2) * xs / (m-1) # 二维FFT。 fk = np.fft.fft2(D) # 作图。 pmin = -10 P = abs(np.fft.fftshift(fk)); P /= P.max(); P = 10 * np.log10(P) P2 = abs(fk); P2 /= P2.max(); P2 = 10 * np.log10(P2) plt.figure(figsize=(11, 8)) plt.subplot(221) plt.pcolormesh(f, k, P2, cmap='magma', vmin=pmin, vmax=0) plt.xlabel('Frequency (s$^{-1}$)') plt.ylabel('Wave number (2$\pi$m$^{-1}$)') plt.subplot(222) plt.pcolormesh(f, k, P, cmap='magma', vmin=pmin, vmax=0) plt.plot([f[n//2], f[-1], f[-1], f[n//2], f[n//2]], [k[0], k[0], k[m//2], k[m//2], k[0]], lw=2, ls='--', color='r') plt.xlabel('Frequency (s$^{-1}$)') plt.ylabel('Wave number (m$^{-1}$)') plt.subplot(223) plt.pcolormesh(f[n//2:], k[:m//2], P[:m//2, n//2:], cmap='magma', vmin=pmin, vmax=0) plt.xlabel('Frequency (s$^{-1}$)') plt.ylabel('Wave number (m$^{-1}$)') plt.subplot(224) plt.pcolormesh(f[n//2:], abs(k[:m//2][::-1]), P[:m//2, n//2:][::-1], cmap='magma', vmin=pmin, vmax=0) cbar = plt.colorbar() cbar.set_label(r'FK spectra (dB)') plt.xlim(0, 100) plt.xlabel('Frequency (s$^{-1}$)') plt.ylabel('Wave number (m$^{-1}$)') plt.tight_layout() plt.show()

LDAM损失函数pytorch代码如下:class LDAMLoss(nn.Module): def init(self, cls_num_list, max_m=0.5, weight=None, s=30): super(LDAMLoss, self).init() m_list = 1.0 / np.sqrt(np.sqrt(cls_num_list)) m_list = m_list * (max_m / np.max(m_list)) m_list = torch.cuda.FloatTensor(m_list) self.m_list = m_list assert s > 0 self.s = s if weight is not None: weight = torch.FloatTensor(weight).cuda() self.weight = weight self.cls_num_list = cls_num_list def forward(self, x, target): index = torch.zeros_like(x, dtype=torch.uint8) index_float = index.type(torch.cuda.FloatTensor) batch_m = torch.matmul(self.m_list[None, :], index_float.transpose(1,0)) # 0,1 batch_m = batch_m.view((16, 1)) # size=(batch_size, 1) (-1,1) x_m = x - batch_m output = torch.where(index, x_m, x) if self.weight is not None: output = output * self.weight[None, :] target = torch.flatten(target) # 将 target 转换成 1D Tensor logit = output * self.s return F.cross_entropy(logit, target, weight=self.weight) 模型部分参数如下:# 设置全局参数 model_lr = 1e-5 BATCH_SIZE = 16 EPOCHS = 50 DEVICE = torch.device('cuda:0' if torch.cuda.is_available() else 'cpu') use_amp = True use_dp = True classes = 7 resume = None CLIP_GRAD = 5.0 Best_ACC = 0 #记录最高得分 use_ema=True model_ema_decay=0.9998 start_epoch=1 seed=1 seed_everything(seed) # 数据增强 mixup mixup_fn = Mixup( mixup_alpha=0.8, cutmix_alpha=1.0, cutmix_minmax=None, prob=0.1, switch_prob=0.5, mode='batch', label_smoothing=0.1, num_classes=classes) 帮我用pytorch实现模型在模型训练中使用LDAM损失函数

import cv2 import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np from skimage.measure import label, regionprops file_url = './data/origin/DJI_0081.jpg' output_url = './DJI_0081_ROI.jpg' def show_img(img, title): cv2.namedWindow(title, cv2.WINDOW_NORMAL) cv2.imshow(title, img) def output_img(img, url): cv2.imwrite(url, img, [int(cv2.IMWRITE_PNG_COMPRESSION), 9]) # 使用2g-r-b分离 src = cv2.imread(file_url) show_img(src, 'src') # 转换为浮点数进行计算 fsrc = np.array(src, dtype=np.float32) / 255.0 (b, g, r) = cv2.split(fsrc) gray = 2 * g - 0.9 * b - 1.1 * r # 求取最大值和最小值 (minVal, maxVal, minLoc, maxLoc) = cv2.minMaxLoc(gray) # 转换为u8类型,进行otsu二值化 gray_u8 = np.array((gray - minVal) / (maxVal - minVal) * 255, dtype=np.uint8) (thresh, bin_img) = cv2.threshold(gray_u8, -1.0, 255, cv2.THRESH_OTSU) show_img(bin_img, 'bin_img') def find_max_connected_component(binary_img): # 输出二值图像中所有的连通域 img_label, num = label(binary_img, connectivity=1, background=0, return_num=True) # connectivity=1--4 connectivity=2--8 # print('+++', num, img_label) # 输出连通域的属性,包括面积等 props = regionprops(img_label) resMatrix = np.zeros(img_label.shape).astype(np.uint8) # 只保留最大的连通域 max_area = 0 max_index = 0 for i in range(0, len(props)): if props[i].area > max_area: max_area = props[i].area max_index = i tmp = (img_label == max_index + 1).astype(np.uint8) resMatrix += tmp resMatrix *= 255 return resMatrix bin_img = find_max_connected_component(bin_img) show_img(bin_img, 'bin_img') # 得到彩色的图像 (b8, g8, r8) = cv2.split(src) color_img = cv2.merge([b8 & bin_img, g8 & bin_img, r8 & bin_img]) output_img(color_img, output_url) show_img(color_img, 'color_img') cv2.waitKey() cv2.destroyAllWindows()

代码import os import numpy as np import nibabel as nib from PIL import Image # 创建保存路径 save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017' if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'image')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'image')) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'label')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'label')) # 加载数据集 data_path = 'D:/BaiduNetdiskDownload/LiTS2017' img_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 1') label_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 2') # 转换图像 for file in sorted(os.listdir(img_path)): if file.endswith('.nii'): img_file = os.path.join(img_path, file) img = nib.load(img_file).get_fdata() img = np.transpose(img, (2, 0, 1)) # 转换为z, x, y for i in range(img.shape[0]): img_slice = img[i, :, :] img_slice = (img_slice - np.min(img_slice)) / (np.max(img_slice) - np.min(img_slice)) * 255 # 归一化到0-255 img_slice = img_slice.astype(np.uint8) img_slice = np.stack([img_slice]*3, axis=2) # 转换为三通道图像 img_name = file[:-4] + '' + str(i).zfill(3) + '.png' img_file_save = os.path.join(save_path, 'image', img_name) Image.fromarray(img_slice).save(img_file_save) # 转换标签 for file in sorted(os.listdir(label_path)): if file.endswith('.nii'): label_file = os.path.join(label_path, file) label = nib.load(label_file).get_fdata() label = np.transpose(label, (2, 0, 1)) # 转换为z, x, y for i in range(label.shape[0]): label_slice = label[i, :, :] label_slice[label_slice == 1] = 255 # 肝脏灰度值设为255 label_slice[label_slice == 2] = 128 # 肝脏肿瘤灰度值设为128 label_slice = label_slice.astype(np.uint8) label_name = file[:-4] + '' + str(i).zfill(3) + '.png' label_file_save = os.path.join(save_path, 'label', label_name) Image.fromarray(label_slice).save(label_file_save)出现scaled = scaled.astype(np.promote_types(scaled.dtype, dtype), copy=False) MemoryError错误,怎么修改?给出完整代码

pytorch代码如下:class LDAMLoss(nn.Module): def init(self, cls_num_list, max_m=0.5, weight=None, s=30): super(LDAMLoss, self).init() m_list = 1.0 / np.sqrt(np.sqrt(cls_num_list)) m_list = m_list * (max_m / np.max(m_list)) m_list = torch.cuda.FloatTensor(m_list) self.m_list = m_list assert s > 0 self.s = s if weight is not None: weight = torch.FloatTensor(weight).cuda() self.weight = weight self.cls_num_list = cls_num_list def forward(self, x, target): index = torch.zeros_like(x, dtype=torch.uint8) index_float = index.type(torch.cuda.FloatTensor) batch_m = torch.matmul(self.m_list[None, :], index_float.transpose(1,0)) # 0,1 batch_m = batch_m.view((-1, 1)) # size=(batch_size, 1) (-1,1) x_m = x - batch_m output = torch.where(index, x_m, x) if self.weight is not None: output = output * self.weight[None, :] logit = output * self.s return F.cross_entropy(logit, target, weight=self.weight) classes=7, cls_num_list = np.zeros(classes) for , label in train_loader.dataset: cls_num_list[label] += 1 criterion_train = LDAMLoss(cls_num_list=cls_num_list, max_m=0.5, s=30) criterion_val = LDAMLoss(cls_num_list=cls_num_list, max_m=0.5, s=30) for batch_idx, (data, target) in enumerate(train_loader): data, target = data.to(device, non_blocking=True), Variable(target).to(device,non_blocking=True) # 3、将数据输入mixup_fn生成mixup数据 samples, targets = mixup_fn(data, target) targets = torch.tensor(targets).to(torch.long) # 4、将上一步生成的数据输入model,输出预测结果,再计算loss output = model(samples) # 5、梯度清零(将loss关于weight的导数变成0) optimizer.zero_grad() # 6、若使用混合精度 if use_amp: with torch.cuda.amp.autocast(): # 开启混合精度 loss = torch.nan_to_num(criterion_train(output, targets)) # 计算loss scaler.scale(loss).backward() # 梯度放大 torch.nn.utils.clip_grad_norm(model.parameters(), CLIP_GRAD) # 梯度裁剪,防止梯度爆炸 scaler.step(optimizer) # 更新下一次迭代的scaler scaler.update() 报错:File "/home/adminis/hpy/ConvNextV2_Demo/models/losses.py", line 53, in forward return F.cross_entropy(logit, target, weight=self.weight) File "/home/adminis/anaconda3/envs/wln/lib/python3.9/site-packages/torch/nn/functional.py", line 2824, in cross_entropy return torch._C._nn.cross_entropy_loss(input, target, weight, _Reduction.get_enum(reduction), ignore_index) RuntimeError: multi-target not supported at /pytorch/aten/src/THCUNN/generic/ClassNLLCriterion.cu:15

帮我看看这段代码报错原因:Traceback (most recent call last): File "/home/bder73002/hpy/ConvNextV2_Demo/train+.py", line 272, in <module> train_loss, train_acc = train(model_ft, DEVICE, train_loader, optimizer, epoch,model_ema) File "/home/bder73002/hpy/ConvNextV2_Demo/train+.py", line 48, in train loss = torch.nan_to_num(criterion_train(output, targets)) # 计算loss File "/home/bder73002/anaconda3/envs/python3.9.2/lib/python3.9/site-packages/torch/nn/modules/module.py", line 889, in _call_impl result = self.forward(*input, **kwargs) File "/home/bder73002/hpy/ConvNextV2_Demo/models/losses.py", line 37, in forward index.scatter_(1, target.data.view(-1, 1), 1) IndexError: scatter_(): Expected dtype int64 for index. 部分代码如下:cls_num_list = np.zeros(classes) for _, label in train_loader.dataset: cls_num_list[label] += 1 criterion_train = LDAMLoss(cls_num_list=cls_num_list, max_m=0.5, s=30) class LDAMLoss(nn.Module): def __init__(self, cls_num_list, max_m=0.5, weight=None, s=30): super(LDAMLoss, self).__init__() m_list = 1.0 / np.sqrt(np.sqrt(cls_num_list)) m_list = m_list * (max_m / np.max(m_list)) m_list = torch.cuda.FloatTensor(m_list) self.m_list = m_list assert s > 0 self.s = s self.weight = weight def forward(self, x, target): index = torch.zeros_like(x, dtype=torch.uint8) index.scatter_(1, target.data.view(-1, 1), 1) index_float = index.type(torch.cuda.FloatTensor) batch_m = torch.matmul(self.m_list[None, :], index_float.transpose(0,1)) batch_m = batch_m.view((-1, 1)) x_m = x - batch_m output = torch.where(index, x_m, x) return F.cross_entropy(self.s*output, target, weight=self.weight)

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