Bulk RNA-seq分析，clean data匹配到鼠109版本基因组，R语言代码

下面是一个简单的R语言代码，用于对bulk RNA-seq数据进行基因表达分析，将clean data匹配到鼠109版本基因组：

# 导入所需的R包
library(DESeq2)

# 设置工作目录和文件路径
setwd("your_working_directory")
countData <- read.table("your_clean_data_file.txt", header=TRUE, row.names=1)

# 导入基因注释信息
geneInfo <- read.table("gene_annotation_file.txt", header=TRUE)

# 创建DESeqDataSet对象
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = countData, colData = colData, design = ~condition)

# 过滤低表达基因
keep <- rowSums(counts(dds)) >= 10
dds <- dds[keep,]

# 将基因ID转换为基因名
rownames(dds) <- geneInfo[match(rownames(dds), geneInfo$gene_id), "gene_name"]

# 运行DESeq2分析
dds <- DESeq(dds)

# 提取差异表达基因列表
res <- results(dds)

# 将结果保存为txt文件
write.table(res, file="differential_expression.txt", sep="\t")

请注意，该代码仅提供了一个基本的框架，需要根据您的具体数据和研究问题进行修改和调整。`your_working_directory`和`your_clean_data_file.txt`应替换为您的实际工作目录和数据文件路径。`gene_annotation_file.txt`应为您下载并使用的鼠109版本基因组注释文件。