使用 gtmx 包中的 GTMBase 类来做Generative Topographic Mapping的代码,从导入CSV数据,到映射到网格可视化,再到逆映射成原始矩阵
时间: 2024-01-21 22:16:26 浏览: 167
首先,需要安装gtmx包。可以通过以下命令在终端中进行安装:
```
pip install gtmx
```
然后,我们可以使用以下代码来导入CSV数据:
```python
import numpy as np
import gtmx
data = np.genfromtxt('data.csv', delimiter=',')
```
这将从名为“data.csv”的文件中读取数据,并将其存储在名为“data”的numpy数组中。
接下来,我们可以使用GTMBase类来映射数据到GTM网格。以下是一个示例:
```python
# 设置GTM网格的大小
grid_size = (10, 10)
# 创建GTMBase对象
gtm = gtmx.GTMBase(grid_size)
# 训练GTM模型
gtm.fit(data)
# 将数据映射到GTM网格
mapped_data = gtm.transform(data)
```
这将创建一个10x10的GTM网格,并使用输入数据训练GTM模型。然后,我们使用`transform`方法将数据映射到GTM网格上。
最后,我们可以使用以下代码将映射后的数据可视化为GTM网格:
```python
import matplotlib.pyplot as plt
# 绘制GTM网格
fig, ax = plt.subplots()
ax.imshow(gtm.grid, cmap='gray_r')
# 绘制映射的数据点
ax.scatter(mapped_data[:, 0], mapped_data[:, 1], c='r')
plt.show()
```
这将绘制一个灰度图,表示GTM网格的每个单元格。红色的点表示映射后的数据点。
最后,我们可以使用以下代码将映射后的数据逆映射成原始矩阵:
```python
# 将映射后的数据逆映射回原始矩阵
reconstructed_data = gtm.inverse_transform(mapped_data)
```
这将使用逆变换将映射后的数据点转换回原始数据矩阵。
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