现有1500个二维空间的数据点,请完成如下工作: (1).编写一个程序不调用sklearn.manifold ,实现ISOMAP降维度。
时间: 2023-06-15 17:04:55 浏览: 149
ISOMAP算法可以通过以下步骤实现降维:
1. 构建邻接矩阵:对于给定的数据集,计算任意两个数据点之间的欧氏距离,并选取距离最近的k个点作为其邻居。对于每个数据点,将其k个邻居之间的距离作为权值,构建邻接矩阵。
2. 计算最短路径:利用Floyd算法或Dijkstra算法计算任意两个数据点之间的最短路径。
3. 降维:将最短路径矩阵作为输入,利用MDS(多维尺度变换)或LLE(局部线性嵌入)等算法进行降维。
下面是一个简单的ISOMAP算法实现示例:
```python
import numpy as np
from scipy.spatial.distance import cdist
class ISOMAP:
def __init__(self, k_neighbors=5, n_components=2):
self.k_neighbors = k_neighbors
self.n_components = n_components
def fit_transform(self, X):
# 1. 构建邻接矩阵
D = cdist(X, X)
kNN_indices = np.argsort(D, axis=1)[:, 1:self.k_neighbors+1]
kNN_dists = np.array([D[i, kNN_indices[i]] for i in range(len(X))])
W = np.zeros((len(X), len(X)))
for i in range(len(X)):
for j in kNN_indices[i]:
W[i, j] = kNN_dists[i, j]
W[j, i] = kNN_dists[i, j]
# 2. 计算最短路径
D = np.zeros((len(X), len(X)))
for i in range(len(X)):
for j in range(len(X)):
if i != j:
D[i, j] = np.inf
for k in range(len(X)):
for i in range(len(X)):
for j in range(len(X)):
if D[i, k] + W[k, j] < D[i, j]:
D[i, j] = D[i, k] + W[k, j]
# 3. 降维
S = -0.5 * (D ** 2 - np.mean(D ** 2, axis=0) - np.mean(D ** 2, axis=1)[:, np.newaxis] + np.mean(D ** 2))
eigvals, eigvecs = np.linalg.eigh(S)
idx = np.argsort(eigvals)[::-1][:self.n_components]
return eigvecs[:, idx]
```
其中,参数k_neighbors表示选取每个数据点的k个最近邻居,参数n_components表示降维后的维度。可以通过调用ISOMAP对象的fit_transform方法来完成降维操作。例如:
```python
from sklearn.datasets import make_swiss_roll
import matplotlib.pyplot as plt
X, _ = make_swiss_roll(n_samples=1500, noise=0.05, random_state=0)
model = ISOMAP(k_neighbors=10, n_components=2)
X_iso = model.fit_transform(X)
plt.scatter(X_iso[:, 0], X_iso[:, 1], c=X[:, 1])
plt.show()
```
这里使用make_swiss_roll生成一个三维数据集,然后利用ISOMAP算法将其降到二维,并用散点图进行可视化。
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