Warning: symlink(): Permission denied in tripal_jbrowse_mgmt_copy_file() (line 440 of /var/www/html/sites/all/modules/tripal_jbrowse/tripal_jbrowse_mgmt/includes/tripal_jbrowse_mgmt.api.inc). Failed to copy file/var/www/html/sites/default/files/raw/pame.bam/ngs.bam/pame.ngs.bam to /var/www/html/sites/default/files/jbrowse/persea_americana__avocados/data/bam. If this track is expected to create by existed file, please have Symbolic Link selected.
时间: 2023-08-03 13:03:19 浏览: 67
这是一个警告信息,指出在 `tripal_jbrowse_mgmt_copy_file()` 函数的实现中发生了 `symlink()` 函数的权限被拒绝的错误。这是在 `/var/www/html/sites/all/modules/tripal_jbrowse/tripal_jbrowse_mgmt/includes/tripal_jbrowse_mgmt.api.inc` 文件的第 440 行。
错误信息还指出,在将文件 `/var/www/html/sites/default/files/raw/pame.bam/ngs.bam/pame.ngs.bam` 复制到 `/var/www/html/sites/default/files/jbrowse/persea_americana__avocados/data/bam` 目录时失败。如果预期通过现有文件来创建此轨道,请选择 Symbolic Link(符号链接)选项。
这个错误可能是由于权限问题导致的。可能是文件或目录的权限设置不允许创建符号链接,或者执行该操作的用户没有足够的权限。你可能需要检查相关文件和目录的权限设置,并确保执行操作的用户具有足够的权限来创建符号链接或复制文件。
请注意,这只是一个警告信息,可能会影响到 JBrowse 扩展模块的功能。为了解决此问题,你需要检查并解决权限问题,并在需要时选择正确的选项来创建轨道。
相关问题
mklink /D C:\path\to\symlink_directory C:\path\to\source_directory
mklink /D是Windows系统中的一个命令,用于创建一个符号链接目录。它的语法是:
mklink /D C:\path\to\symlink_directory C:\path\to\source_directory
其中,C:\path\to\symlink_directory是你想要创建的符号链接目录的路径,而C:\path\to\source_directory是你想要链接到的源目录的路径。
这个命令可以在文件系统中创建一个指向源目录的符号链接目录。通过这个符号链接目录,你可以访问源目录中的文件和子目录,就好像它们是在符号链接目录中一样。
需要注意的是,mklink命令只能在管理员权限下运行。另外,符号链接目录只在支持NTFS文件系统的Windows版本中有效。
No .git at file:///mnt/nfs/var/config/config-repo
根据提供的引用内容,当在file:///mnt/nfs/var/config/config-repo的路径下没有.git文件时,可以使用symlink和realpath版本的路径来匹配。例如,如果~/git是指向/mnt/storage/git的符号链接,则gitdir:~/git和gitdir:/mnt/storage/git都可以匹配。 这意味着在这种情况下,可以使用gitdir:file:///mnt/nfs/var/config/config-repo来指定.git目录的位置。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span>
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [git-config Manual Page(机翻版)](https://blog.csdn.net/Passerby_Wang/article/details/121104895)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"]
[ .reference_list ]
相关推荐
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)