Warning: symlink(): Permission denied in tripal_jbrowse_mgmt_copy_file() (line 440 of /var/www/html/sites/all/modules/tripal_jbrowse/tripal_jbrowse_mgmt/includes/tripal_jbrowse_mgmt.api.inc). Failed to copy file/var/www/html/sites/default/files/raw/pame.bam/ngs.bam/pame.ngs.bam to /var/www/html/sites/default/files/jbrowse/persea_americana__avocados/data/bam. If this track is expected to create by existed file, please have Symbolic Link selected.

这是一个警告信息，指出在 `tripal_jbrowse_mgmt_copy_file()` 函数的实现中发生了 `symlink()` 函数的权限被拒绝的错误。这是在 `/var/www/html/sites/all/modules/tripal_jbrowse/tripal_jbrowse_mgmt/includes/tripal_jbrowse_mgmt.api.inc` 文件的第 440 行。

错误信息还指出，在将文件 `/var/www/html/sites/default/files/raw/pame.bam/ngs.bam/pame.ngs.bam` 复制到 `/var/www/html/sites/default/files/jbrowse/persea_americana__avocados/data/bam` 目录时失败。如果预期通过现有文件来创建此轨道，请选择 Symbolic Link（符号链接）选项。

这个错误可能是由于权限问题导致的。可能是文件或目录的权限设置不允许创建符号链接，或者执行该操作的用户没有足够的权限。你可能需要检查相关文件和目录的权限设置，并确保执行操作的用户具有足够的权限来创建符号链接或复制文件。

请注意，这只是一个警告信息，可能会影响到 JBrowse 扩展模块的功能。为了解决此问题，你需要检查并解决权限问题，并在需要时选择正确的选项来创建轨道。

相关问题

使用std::filesystem::recursive_directory_iterator和std::filesystem::directory_options::follow_directory_symlink选项迭代目录

在C++标准库 `<filesystem>` 中，`std::filesystem::recursive_directory_iterator` 和 `std::filesystem::directory_options::follow_directory_symlink` 是一起使用的，用于递归地遍历目录，并且可以跟随符号链接。

当你创建一个 `recursive_directory_iterator` 对象时，你可以提供一个 `std::filesystem::directory_options` 实例，其中可以设置 `follow_directory_symlinks` 选项为 `true` 来表示跟随符号链接。这将允许你在遍历目录结构时，不仅包括直接的子目录，也包括通过符号链接指向的子目录。

以下是基本的用法示例：

#include <iostream>
#include <filesystem>

namespace fs = std::filesystem;

void traverse_dir(const fs::path& root_path) {
    fs::directory_options options;
    options.recursive(); // 设置为递归模式
    options.follow_directory_symlinks(); // 跟随符号链接

    for (const auto &entry : fs::directory_iterator(root_path, options)) {
        if (fs::is_directory(entry)) {
            std::cout << "Directory: " << entry.path() << '\n';
        } else {
            std::cout << "File: " << entry.path() << '\n';
        }
    }
}

int main() {
    traverse_dir(fs::current_path()); // 从当前工作目录开始
    return 0;
}

在这个示例中，`traverse_dir` 函数会遍历指定路径下的所有目录，无论它们是否是符号链接，以及链接指向的是另一个目录还是文件。

Error: EACCES: permission denied, symlink

This error message means that the user running the command does not have permission to create a symlink (symbolic link) in the specified location.

To fix this issue, first ensure that you have the necessary permissions to create a symlink in the directory you are trying to create it in. You may need to check the file permissions using the `ls -l` command and change them using `chmod`.

If you do not have permission to create a symlink in the current directory, try creating it in a different directory where you have the necessary permissions.

Alternatively, you can try running the command with elevated permissions using `sudo` or as the root user. However, be cautious when using elevated permissions and only use them when necessary.