请检查上述代码。运行后输出的基因树文件是空的

非常抱歉，我检查了一下代码，发现了问题。在重新排序基因树时，我没有正确处理基因树的格式。我会修复代码并提供给您。

import os
import shutil

# 物种树路径
species_tree_path = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/renamed_species_tree/tree.treefile'

# 基因树目录路径
gene_tree_dir = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/renamed_gene_tree/'

# 创建保存重排序基因树的目录
recorder_gene_tree_dir = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/recorder_gene_tree'
os.makedirs(recorder_gene_tree_dir, exist_ok=True)

# 读取物种树的分支顺序
with open(species_tree_path, 'r') as f:
    species_tree = f.read().strip()

# 遍历基因树目录下的所有文件
for file_name in os.listdir(gene_tree_dir):
    if file_name.endswith('.treefile'):
        gene_tree_path = os.path.join(gene_tree_dir, file_name)
        
        # 读取基因树内容
        with open(gene_tree_path, 'r') as f:
            gene_tree = f.read().strip()
        
        # 根据物种树的分支顺序对基因树进行重新排序
        sorted_gene_tree = ''
        for branch in species_tree.split('\n'):
            if branch.strip() in gene_tree:
                sorted_gene_tree += branch + '\n'
        
        # 保存重排序后的基因树到新目录
        new_gene_tree_path = os.path.join(recorder_gene_tree_dir, file_name)
        with open(new_gene_tree_path, 'w') as f:
            f.write(sorted_gene_tree)
        
        print(f"Gene tree '{file_name}' has been sorted and saved.")

请注意，我更新了物种树和基因树的文件扩展名为`.treefile`，并且在读取物种树和基因树时使用了不同的分隔符。重新运行代码后，基因树文件应该会按照物种树的分支顺序进行重新排序，并保存在`/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/recorder_gene_tree`目录下。如果仍然有问题，请提供更多的信息以便我进一步协助您解决。