请检查上述代码。运行后输出的基因树文件是空的。请注意基因树和物种树都是.treefile格式
时间: 2024-04-20 17:27:39 浏览: 97
非常抱歉,我对代码中的错误进行了修正。请使用下面更新后的代码:
```python
import os
import shutil
# 物种树路径
species_tree_path = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/renamed_species_tree/tree.treefile'
# 基因树目录路径
gene_tree_dir = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/renamed_gene_tree/'
# 创建保存重排序基因树的目录
recorder_gene_tree_dir = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/recorder_gene_tree'
os.makedirs(recorder_gene_tree_dir, exist_ok=True)
# 读取物种树的分支顺序
with open(species_tree_path, 'r') as f:
species_tree = f.read().strip()
# 遍历基因树目录下的所有文件
for file_name in os.listdir(gene_tree_dir):
if file_name.endswith('.treefile'):
gene_tree_path = os.path.join(gene_tree_dir, file_name)
# 读取基因树内容
with open(gene_tree_path, 'r') as f:
gene_tree = f.read().strip()
# 根据物种树的分支顺序对基因树进行重新排序
sorted_gene_tree = ''
for branch in species_tree.split('\n'):
if branch.strip() in gene_tree:
sorted_gene_tree += branch + '\n'
# 保存重排序后的基因树到新目录
new_gene_tree_path = os.path.join(recorder_gene_tree_dir, file_name)
with open(new_gene_tree_path, 'w') as f:
f.write(sorted_gene_tree)
print(f"Gene tree '{file_name}' has been sorted and saved.")
```
请注意,我更新了物种树和基因树的文件扩展名为`.treefile`,并且在读取物种树和基因树时使用了不同的分隔符。重新运行代码后,基因树文件应该会按照物种树的分支顺序进行重新排序,并保存在`/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/recorder_gene_tree`目录下。如果仍然有问题,请提供更多的信息以便我进一步协助您解决。
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