请帮我写一段代码,用R的ape包,通过旋转节点,尽量让多棵物种树与一棵基因树(都是有根树)分支顺序一致的代码。基因树储存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree目录下,请遍历该目录下所有基因树。请将输出的基因树储存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/adj_gene_tree目录下。请注意物种树和基因树都是treefile格式。
时间: 2023-12-17 09:05:41 浏览: 36
以下是根据你的要求编写的代码,使用R的ape包通过旋转节点尽量使多棵物种树与一棵基因树的分支顺序一致,并将输出的基因树保存在指定目录下:
```R
library(ape)
library(tools)
# 读取基因树目录和输出目录
gene_tree_folder <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree"
output_folder <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/adj_gene_tree"
# 读取物种树
species_tree <- read.tree("species_tree.treefile")
# 定义函数:通过旋转节点,尽量使物种树与基因树的分支顺序一致
align_trees <- function(gene_tree, species_tree) {
aligned_tree <- rotate(gene_tree, rotate.by.tree = species_tree)
return(aligned_tree)
}
# 获取基因树文件列表
gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE)
# 遍历基因树文件并逐个进行节点旋转和保存
for (gene_tree_file in gene_tree_files) {
# 读取基因树
gene_tree <- read.tree(gene_tree_file)
# 对基因树进行节点旋转,使其与物种树的分支顺序一致
aligned_tree <- align_trees(gene_tree, species_tree)
# 获取基因树文件名
gene_tree_file_name <- file_path_sans_ext(basename(gene_tree_file))
# 构建输出文件路径
output_file <- file.path(output_folder, paste0(gene_tree_file_name, "_aligned.treefile"))
# 保存对齐后的基因树
write.tree(aligned_tree, file = output_file)
}
```
在上述代码中,你需要将`species_tree.treefile`替换为你实际的物种树文件路径。然后,设置基因树目录和输出目录的路径。代码中定义了一个名为`align_trees`的函数,用于通过旋转节点尽量使物种树与基因树的分支顺序一致。最后,通过遍历基因树文件列表,调用`align_trees`函数逐个处理基因树文件,并将对齐后的基因树保存到输出目录中。请确保你已经安装了ape包和tools包。