请帮我写一段，以进化树中的分支DCYL为外群定根，批量把基因树转化为有根树，并保存到新目录下的代码

要将基因树转换为有根树，并以进化树中的分支作为外群定根，可以使用以下代码：

library(ape)

# 定义一个函数来将基因树转化为有根树
root_gene_tree <- function(gene_tree, outgroup_branch) {
  # 将进化树中的分支DCYL作为外群定根
  rooted_gene_tree <- root(gene_tree, outgroup = outgroup_branch)
  return(rooted_gene_tree)
}

# 定义一个函数来批量转化基因树为有根树
batch_root_gene_trees <- function(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) {
  # 读取物种树
  species_tree <- read.tree(species_tree_file)
  
  # 创建输出文件夹（如果不存在）
  dir.create(output_folder, showWarnings = FALSE)
  
  # 获取基因树文件列表
  gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE)
  
  for (i in seq_along(gene_tree_files)) {
    gene_tree_file <- gene_tree_files[i]
    gene_tree <- read.tree(gene_tree_file)
    
    # 将基因树转化为有根树，并以进化树中的分支DCYL作为外群定根
    rooted_gene_tree <- root_gene_tree(gene_tree, "DCYL")
    
    # 构建新的文件路径
    output_file <- file.path(output_folder, paste0("rooted_", basename(gene_tree_file)))
    
    # 将有根树写入新的文件
    write.tree(rooted_gene_tree, file = output_file)
  }
}

# 设置基因树文件夹路径、物种树文件路径和输出文件夹路径
gene_tree_folder <- "/path/to/gene_trees"  # 替换为您的基因树文件夹路径
species_tree_file <- "/path/to/species_tree.treefile"  # 替换为您的物种树文件路径
output_folder <- "/path/to/output_folder"  # 替换为您希望输出的新文件夹路径

# 执行批量转化为有根树并保存到新目录下
batch_root_gene_trees(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder)

在以上代码中，`root_gene_tree`函数使用`root`函数将基因树转换为有根树，并以进化树中的分支`DCYL`作为外群进行定根。`batch_root_gene_trees`函数遍历基因树文件夹中的每个基因树文件，读取基因树并调用`root_gene_tree`函数进行转换。然后，将有根树保存到一个新的文件中，该文件名以"rooted_"前缀加上原始基因树文件名。

请将`gene_tree_folder`、`species_tree_file`和`output_folder`替换为您实际的文件夹路径。注意，输出文件夹路径应该是一个尚不存在的文件夹，代码中会尝试创建它。