请帮我写一段把一个物种树转化为有根树,以基因树中的“DCYL”为外群定根。使用R语言的ape包。
时间: 2024-04-15 13:27:58 浏览: 125
poj 1909 Marbles on a tree.md
以下是使用R语言的ape包将一个物种树转化为有根树的代码示例:
```R
library(ape)
# 读取物种树
species_tree <- read.tree("species_tree.tre")
# 确定外群名称为"DCYL"
outgroup <- "DCYL"
# 定义有根树
rooted_tree <- root(species_tree, outgroup = outgroup)
# 保存有根树
write.tree(rooted_tree, file = "rooted_tree.tre")
```
在上述代码中,你需要将`species_tree.tre`替换为你实际的物种树文件路径。然后,指定外群名称为"DCYL",并使用`root`函数将物种树定根。最后,使用`write.tree`函数将有根树保存为文件,文件名为`rooted_tree.tre`。请确保你已经安装了ape包。
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