请修改上述代码,不用对物种树进行操作。只用定根基因树
时间: 2024-04-12 10:30:36 浏览: 21
如果只想对基因树进行重新排序,而不是使用物种树的分支顺序,可以使用以下修改后的代码:
```R
library(ape)
# 定义一个函数来重新排序基因树的分支
reorder_gene_tree <- function(gene_tree) {
# 使用基因树的根节点作为外群定根
reordered_gene_tree <- root(gene_tree)
return(reordered_gene_tree)
}
# 定义一个函数来批量重新排序基因树
batch_reorder_gene_trees <- function(gene_tree_folder, output_folder) {
# 创建新的文件夹(如果不存在)
dir.create(output_folder, showWarnings = FALSE)
# 获取基因树文件列表
gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE)
for (i in seq_along(gene_tree_files)) {
gene_tree_file <- gene_tree_files[i]
gene_tree <- read.tree(gene_tree_file)
reordered_gene_tree <- reorder_gene_tree(gene_tree)
# 构建新的文件路径
output_file <- file.path(output_folder, paste0("reordered_", basename(gene_tree_file)))
# 将重新排序后的基因树写入新的文件
write.tree(reordered_gene_tree, file = output_file)
}
}
# 设置基因树文件夹路径和输出文件夹路径
gene_tree_folder <- "/path/to/gene_trees" # 替换为您的基因树文件夹路径
output_folder <- "/path/to/output_folder" # 替换为您希望输出的新文件夹路径
# 执行批量重新排序并输出到新的文件夹
batch_reorder_gene_trees(gene_tree_folder, output_folder)
```
在修改后的代码中,`reorder_gene_tree`函数不再使用物种树,而是使用`root`函数将基因树的根节点作为外群定根。`batch_reorder_gene_trees`函数也不再需要物种树文件作为参数。它会遍历基因树文件夹中的每个基因树文件,读取基因树并调用`reorder_gene_tree`函数进行重新排序。然后,将重新排序后的基因树保存到一个新的文件中。
请将`gene_tree_folder`和`output_folder`替换为您实际的基因树文件夹路径和输出文件夹路径。注意,输出文件夹路径应该是一个尚不存在的文件夹,代码中会尝试创建它。