请修改上述代码，物种树储存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree目录下。物种树为species_tree.treefile

以下是修改后的代码，将物种树的路径和文件名进行了调整：

library(ape)

# 设置输入和输出目录路径
gene_tree_dir <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree"
species_tree_file <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefile"
output_dir <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/adj_gene_tree"

# 读取物种树文件
species_tree <- read.tree(species_tree_file)

# 获取输入目录下所有基因树文件
gene_tree_files <- list.files(gene_tree_dir, full.names = TRUE)

# 遍历基因树文件
for (file in gene_tree_files) {
  # 读取基因树文件
  gene_tree <- read.tree(file)
  
  # 根据物种树的拓扑结构旋转基因树节点
  adj_gene_tree <- rotate(gene_tree, species_tree)
  
  # 构建输出文件路径
  output_file <- file.path(output_dir, basename(file))
  
  # 保存调整后的基因树
  write.tree(adj_gene_tree, file = output_file)
}

请确保将物种树的文件路径和基因树目录的路径指定为你实际存储的路径。同样，代码中使用了`ape`包进行树结构操作，请确保已经安装了`ape`包。

希望对你有所帮助！如有任何问题，请随时提问。