请帮我写一段按照一棵物种树分支顺序重新批量排序多个基因树分支的python代码。物种树是/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefile 。基因树文件储存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree。重排序后的基因树储存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/recorder_gene_tree

当然，我可以帮你写一个用于按照物种树分支顺序重新批量排序多个基因树分支的Python代码。以下是一个示例代码：

import os
from Bio import Phylo

# 定义物种树文件路径
species_tree_file = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefile'

# 定义基因树文件夹路径和重排序后的基因树保存路径
gene_tree_folder = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree'
recorder_gene_tree_folder = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/recorder_gene_tree'

# 读取物种树
species_tree = Phylo.read(species_tree_file, 'newick')

# 获取物种树的分支顺序
species_order = []
for clade in species_tree.find_clades(order='level'):
    if clade.name:
        species_order.append(clade.name)

# 遍历基因树文件夹中的所有文件
for file_name in os.listdir(gene_tree_folder):
    if file_name.endswith('.treefile'):
        gene_tree_file = os.path.join(gene_tree_folder, file_name)
        gene_tree = Phylo.read(gene_tree_file, 'newick')

        # 根据物种树分支顺序重新排序基因树
        sorted_gene_tree = Phylo.BaseTree.TreeMixin(gene_tree)
        sorted_gene_clades = []

        for species_name in species_order:
            for clade in gene_tree.find_clades():
                if clade.name and species_name in clade.name:
                    sorted_gene_clades.append(clade)
                    break

        sorted_gene_tree.clade.clades = sorted_gene_clades

        # 保存重排序后的基因树
        recorder_gene_tree_file = os.path.join(recorder_gene_tree_folder, file_name)
        Phylo.write(sorted_gene_tree, recorder_gene_tree_file, 'newick')

        print(f"重排序后的基因树已保存至 {recorder_gene_tree_file}")

请确保你已经安装了 `biopython` 库，可以使用以下命令进行安装：

pip install biopython

上述代码将根据物种树的分支顺序，逐个读取基因树文件，重新排序每个基因树的分支，并将结果保存到指定的文件夹中。你可以将代码中的文件路径更改为你自己的路径。

注意：这只是一个示例代码，具体实现可能需要根据你的数据格式和需求进行调整。