请帮我写一段根据一棵物种树的顺序,批量重新排序多个基因树的代码。请使用python。一棵物种树储存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/renamed_species_tree目录下,多棵基因树储存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/renamed_gene_tree目录下。请新建文件夹/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/recorder_gene_tree保存重排序完成的基因树。基因树和物种树都是.treefile格式
时间: 2023-07-21 15:10:54 浏览: 92
Order-genes-by-evolutioanry-rate:一个基于单个基因树按进化速率对基因进行排名的python脚本
可以使用Python的os和shutil模块来完成这个任务。以下是一个示例代码,用于根据物种树的顺序重新排序多个基因树:
```python
import os
import shutil
# 物种树目录和基因树目录
species_tree_dir = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/renamed_species_tree'
gene_tree_dir = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/renamed_gene_tree'
# 创建保存重排序基因树的目录
output_dir = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/7.14/recorder_gene_tree'
os.makedirs(output_dir, exist_ok=True)
# 获取物种树文件列表并按顺序排序
species_tree_files = sorted(os.listdir(species_tree_dir))
# 遍历基因树目录
for gene_tree_file in os.listdir(gene_tree_dir):
# 构建基因树文件的完整路径
gene_tree_path = os.path.join(gene_tree_dir, gene_tree_file)
# 构建重排序后的基因树文件的完整路径
output_gene_tree_path = os.path.join(output_dir, gene_tree_file)
# 打开基因树文件和重排序后的基因树文件
with open(gene_tree_path, 'r') as gene_tree_file, open(output_gene_tree_path, 'w') as output_gene_tree_file:
# 遍历物种树文件列表并复制对应的基因树内容到重排序后的基因树文件中
for species_tree_file in species_tree_files:
species_tree_path = os.path.join(species_tree_dir, species_tree_file)
with open(species_tree_path, 'r') as species_tree:
shutil.copyfileobj(species_tree, output_gene_tree_file)
# 写入基因树内容
shutil.copyfileobj(gene_tree_file, output_gene_tree_file)
print("基因树重排序完成!")
```
这段代码首先创建保存重排序基因树的目录,然后获取物种树文件列表并按顺序排序。接下来,遍历基因树目录中的每个基因树文件,打开该文件和对应的重排序后的基因树文件,并按照物种树的顺序将物种树内容和基因树内容写入重排序后的基因树文件中。最后,输出完成信息。
请注意,这只是一个示例代码,具体路径和文件格式可能需要根据实际情况进行调整。另外,为了避免文件覆盖或误操作,请在运行代码之前确认目录和文件路径是否正确,并备份数据。
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