请修改上述代码，.treefile格式的基因树保存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree目录下；请把修改完成的基因树储存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/recorder_gene_tree目录下。物种树储存在/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree目录下

好的，我已经修改了代码以适应你的要求。请查看下面的代码：

def reorder_gene_tree(gene_tree, species_tree):
    # 获取物种树的分支顺序
    species_order = get_species_order(species_tree)

    # 根据物种树的分支顺序重排基因树
    reordered_tree = []
    for species in species_order:
        for branch in gene_tree:
            if branch['species'] == species:
                reordered_tree.append(branch)
                break

    return reordered_tree

def get_species_order(species_tree):
    # 在此处实现获取物种树分支顺序的代码逻辑
    pass

# 读取基因树文件
gene_tree_file = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree/treefile.txt'
with open(gene_tree_file, 'r') as f:
    gene_tree = f.readlines()

# 读取物种树文件
species_tree_file = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/treefile.txt'
with open(species_tree_file, 'r') as f:
    species_tree = f.readlines()

# 重排基因树分支顺序
reordered_gene_tree = reorder_gene_tree(gene_tree, species_tree)

# 将重排后的基因树保存到文件
output_file = '/ifs1/User/dengwei/NTF_data/reordered_gene_tree/treefile.txt'
with open(output_file, 'w') as f:
    f.writelines(reordered_gene_tree)

print("基因树重排完成，结果已保存至", output_file)

请确保你已经将实际的文件路径正确地替换到代码中。这段代码将读取基因树文件和物种树文件，并将重排后的基因树保存到指定的输出文件中。

如果你还需要实现获取物种树分支顺序的逻辑，请在 `get_species_order` 函数中添加适当的代码。

希望这次的修改满足了你的需求！如果还有其他问题，请随时提问。