for (gene_tree_file in gene_tree_files) { # 读取基因树 gene_tree <- read.tree(gene_tree_file) # 对基因树进行节点旋转，使其与物种树的分支顺序一致 aligned_tree <- align_trees(gene_tree, species_tree) # 获取基因树文件名 gene_tree_file_name <- file_path_sans_ext(basename(gene_tree_file)) # 构建输出文件路径 output_file <- file.path(output_folder, paste0(gene_tree_file_name, "_aligned.treefile")) # 保存对齐后的基因树 write.tree(aligned_tree, file = output_file) } Error in rotate(gene_tree, rotate.by.tree = species_tree) : unused argument (rotate.by.tree = species_tree)

非常抱歉，我之前的回答有误。在ape包中，rotate函数并不支持直接使用另一棵树作为参数来旋转节点。相反，我们需要使用phytools包中的reroot函数来重新根据物种树的分支顺序对基因树进行根重新定位。请按照以下代码更正：

library(ape)
library(phytools)

# 读取物种树
species_tree <- read.tree("species_tree.treefile")

# 设置基因树目录和输出目录
gene_tree_folder <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree"
output_folder <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/adj_gene_tree"

# 定义函数：通过重新根据物种树的分支顺序对基因树进行根重新定位
align_trees <- function(gene_tree, species_tree) {
  aligned_tree <- reroot(gene_tree, species_tree$edge, resolve.root = TRUE)
  return(aligned_tree)
}

# 获取基因树文件列表
gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE)

# 遍历基因树文件并逐个进行节点旋转和保存
for (gene_tree_file in gene_tree_files) {
  # 读取基因树
  gene_tree <- read.tree(gene_tree_file)
  
  # 对基因树进行节点旋转，使其与物种树的分支顺序一致
  aligned_tree <- align_trees(gene_tree, species_tree)
  
  # 获取基因树文件名
  gene_tree_file_name <- file_path_sans_ext(basename(gene_tree_file))
  
  # 构建输出文件路径
  output_file <- file.path(output_folder, paste0(gene_tree_file_name, "_aligned.treefile"))
  
  # 保存对齐后的基因树
  write.tree(aligned_tree, file = output_file)
}

在这个修改后的代码中，我们使用phytools包中的reroot函数来重新根据物种树的分支顺序对基因树进行根重新定位。这样可以实现节点旋转，使得基因树的分支顺序与物种树尽量一致。然后按照之前的方法遍历基因树文件，并将对齐后的基因树保存到输出目录中。请确保你已经安装了ape包和phytools包。