运行上述代码后出现以下错误。> for (file in gene_tree_files) { # 读取基因树文件 gene_tree <- read.tree(file) # 根据物种树的拓扑结构调整基因树节点顺序 adj_gene_tree <- reorder.phylo(gene_tree, species_tree$tip.label) # 构建输出文件路径 output_file <- file.path(output_dir, basename(file)) # 保存调整后的基因树 write.tree(adj_gene_tree, file = output_file) } Error in if (is.na(io)) stop("ambiguous order") : the condition has length > 1

这个错误通常是由于在物种树的拓扑结构中存在问题导致的。为了解决这个问题，我们可以尝试使用`ape`包中的`drop.tip`函数来删除物种树和基因树中不存在的物种标签。

请尝试以下修改后的代码：

library(ape)

# 设置输入和输出目录路径
input_dir <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree"
output_dir <- "/ifs1/User/dengwei/NTF_data/adj_gene_tree"

# 读取物种树文件
species_tree <- read.tree("/ifs1/User/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefile")

# 获取物种树中存在的物种标签
existing_species <- intersect(species_tree$tip.label, gene_tree$tip.label)

# 遍历基因树文件
for (file in gene_tree_files) {
  # 读取基因树文件
  gene_tree <- read.tree(file)
  
  # 删除基因树中不存在的物种标签
  gene_tree <- drop.tip(gene_tree, setdiff(gene_tree$tip.label, existing_species))
  
  # 根据物种树的拓扑结构调整基因树节点顺序
  adj_gene_tree <- reorder.phylo(gene_tree, species_tree$tip.label)
  
  # 构建输出文件路径
  output_file <- file.path(output_dir, basename(file))
  
  # 保存调整后的基因树
  write.tree(adj_gene_tree, file = output_file)
}

这次的修改会先获取物种树和基因树中存在的物种标签的交集，然后删除基因树中不存在的物种标签。这样可以避免在节点重排序时出现问题。

再次提醒，确保将物种树文件的路径和基因树目录的路径指定为你实际存储的路径，并确保已经安装了`ape`包。

希望这次的修改能够解决问题！如果还有其他问题，请随时提问。