请修改上述代码。把重排序后的基因树输出到新的文件夹

下面是修改后的代码，将重排序后的基因树输出到一个新的文件夹：

library(ape)

# 定义一个函数来重新排序基因树的分支并输出到新的文件夹
reorder_gene_tree <- function(gene_tree, species_tree, output_folder) {
  # 使用物种树的分支顺序对基因树进行重新排序
  reordered_gene_tree <- reorder(gene_tree, species_tree$tip.label)
  
  # 构建新的文件路径
  output_file <- file.path(output_folder, paste0("reordered_", basename(gene_tree$file)))
  
  # 将重新排序后的基因树写入新的文件
  write.tree(reordered_gene_tree, file = output_file)
}

# 定义一个函数来批量重新排序基因树并输出到新的文件夹
batch_reorder_gene_trees <- function(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) {
  # 读取物种树
  species_tree <- read.tree(species_tree_file)
  
  # 创建新的文件夹（如果不存在）
  dir.create(output_folder, showWarnings = FALSE)
  
  # 获取基因树文件列表
  gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE)
  
  for (i in seq_along(gene_tree_files)) {
    gene_tree_file <- gene_tree_files[i]
    gene_tree <- read.tree(gene_tree_file)
    
    # 调用重新排序函数并将结果输出到新的文件夹
    reorder_gene_tree(gene_tree, species_tree, output_folder)
  }
}

# 设置基因树文件夹路径、物种树文件路径和输出文件夹路径
gene_tree_folder <- "/path/to/gene_trees"  # 替换为您的基因树文件夹路径
species_tree_file <- "/path/to/species_tree.treefile"  # 替换为您的物种树文件路径
output_folder <- "/path/to/output_folder"  # 替换为您希望输出的新文件夹路径

# 执行批量重新排序并输出到新的文件夹
batch_reorder_gene_trees(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder)

在修改后的代码中，我添加了一个新的函数`reorder_gene_tree`，它接受一个基因树、物种树和输出文件夹路径作为参数，将基因树重新排序后输出到新的文件夹。在`batch_reorder_gene_trees`函数中，我添加了一个新的参数`output_folder`，用于指定输出文件夹的路径。在循环中，我调用`reorder_gene_tree`函数来进行基因树的重新排序，并将结果输出到新的文件夹中。

请将`gene_tree_folder`、`species_tree_file`和`output_folder`替换为您实际的文件夹路径。注意，输出文件夹路径应该是一个尚不存在的文件夹，代码中会尝试创建它。