library(ape) species_tree <- read.tree("species_tree.treefile") gene_tree <- read.tree("gene1.treefile") comparePhylo(tree.nwk,species_tree,force.rooted = TRUE)请你根据上述代码。帮我写一段用R的ape包，批量对比1个物种树和多个基因树拓扑结构差异的代码。统计有多少基因树与物种树不一致。

当使用ape包进行拓扑结构比较时，您可以按照以下的步骤编写代码：

1. 安装ape包（如果尚未安装）：`install.packages("ape")`

2. 载入ape包：`library(ape)`

3. 读取物种树和基因树文件：假设物种树文件为"species_tree.treefile"，基因树文件为"gene1.treefile"，您可以使用以下代码读取它们：

species_tree <- read.tree("species_tree.treefile")
gene_tree <- read.tree("gene1.treefile")

4. 进行拓扑结构比较并统计不一致的基因树数量：使用`comparePhylo()`函数进行拓扑结构比较，并通过计算不一致的基因树数量得出结果。以下是示范代码：

inconsistent_count <- 0
for (i in 1:num_gene_trees) {
  gene_tree <- read.tree(paste0("gene", i, ".treefile"))
  comparison_result <- comparePhylo(gene_tree, species_tree, force.rooted = TRUE)
  if (!comparison_result$identical) {
    inconsistent_count <- inconsistent_count + 1
  }
}

请注意，您需要将`num_gene_trees`替换为您实际的基因树数量。

5. 输出结果：将统计结果输出，以便您查看不一致的基因树数量：

cat("共有", inconsistent_count, "个基因树与物种树不一致。")

请确保将代码中的文件路径和变量名替换为您自己的实际情况。希望这段代码能够满足您的需求！