我的rxn-smiles在csv文件里吗
时间: 2023-12-22 07:02:38 浏览: 112
Python库 | RXN4Chemistry-1.0.1.tar.gz
是的,如果你的 rxn_smiles 数据存储在一个 CSV 文件中,你可以使用 pandas 库来读取并处理该文件。以下是一个示例代码,演示如何读取包含 rxn_smiles 的 CSV 文件并解析它们:
```python
import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
# 读取 CSV 文件
data = pd.read_csv('your_file.csv')
# 提取 rxn_smiles 列
rxn_smiles = data['rxn_smiles']
# 遍历每个 rxn_smiles 字符串并解析
for smi in rxn_smiles:
rxn = AllChem.ReactionFromSmarts(smi)
if rxn is not None:
# 进行你的操作
# 打印反应物
print("Reactants:")
for reactant in rxn.GetReactants():
print(Chem.MolToSmiles(reactant))
# 打印生成物
print("Products:")
for product in rxn.GetProducts():
print(Chem.MolToSmiles(product))
else:
print("Failed to parse rxn_smiles.")
```
请将 `your_file.csv` 替换为你实际的 CSV 文件路径。这段代码将使用 pandas 库读取 CSV 文件,并提取名为 "rxn_smiles" 的列。然后,它会遍历每个 rxn_smiles 字符串并解析它们。你可以在代码中添加适当的操作来处理每个解析后的反应。
请注意,这只是一个示例代码,你可能需要根据你的具体需求进行适当的调整。
如果你有任何进一步的问题,请随时提问。
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