如何在UCSC中浏览ENCODE中小鼠胚胎发育过程中(E10.5、E11.5、E12.5、E13.5、E14.5、E15.5、E16.5、P0)forebrain组织的polyA plus RNA-seq表达情况,截取Pax9基因的表达截图。
时间: 2023-12-28 13:17:03 浏览: 126
以下是在UCSC中浏览ENCODE中小鼠胚胎发育过程中(E10.5、E11.5、E12.5、E13.5、E14.5、E15.5、E16.5、P0)forebrain组织的polyA plus RNA-seq表达情况,截取Pax9基因的表达截图的步骤:
1. 打开UCSC网站(https://genome.ucsc.edu/)并选择"Mouse (GRCm38/mm10)"作为参考基因组。
2. 点击顶部菜单栏中的"Genome Browser",在下拉菜单中选择"Go to Genome Browser"进入浏览器。
3. 在左侧菜单栏中,选择"ENCODE",然后选择"RNA-seq"。
4. 在"RNA-seq"页面中,选择"PolyA plus"和"forebrain"。
5. 在"Tracks"菜单栏中,选择"ENCFF545VZK"(E10.5 forebrain RNA-seq)并勾选"full"。
6. 在"Tracks"菜单栏中,选择"ENCFF344EUJ"(E11.5 forebrain RNA-seq)并勾选"full"。
7. 重复步骤5和6,选择E12.5、E13.5、E14.5、E15.5、E16.5和P0的forebrain RNA-seq数据。
8. 在"Position"栏中,输入"Pax9"并点击"跳转"。
9. 在"Pax9"基因的页面中,点击"图像"并选择"线性图"。
10. 在"线性图"页面中,可以看到Pax9基因在不同发育阶段的表达情况。
11. 可以通过调整"窗口大小"和"放大倍数"来获得更清晰的图像。
12. 可以通过调整"颜色"和"曲线宽度"来改变图像的外观。
13. 可以通过点击"图例"来显示或隐藏不同发育阶段的表达情况。
14. 可以在"选项"菜单中选择"截图"来保存Pax9基因的表达截图。
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