如何浏览ENCODE中小鼠胚胎发育过程中(E10.5、E11.5、E12.5、E13.5、E14.5、E15.5、E16.5、P0)forebrain组织的polyA plus RNA-seq表达情况,截取Pax9基因的表达截图。
时间: 2024-01-25 21:03:18 浏览: 28
可以使用ENCODE网站提供的UCSC Genome Browser来浏览小鼠胚胎发育过程中forebrain组织的polyA plus RNA-seq表达情况。
以下是具体步骤:
1. 访问ENCODE网站(https://www.encodeproject.org/)。
2. 点击“Data”选项卡,选择“RNA-seq”并在搜索框中输入“mouse forebrain”。
3. 在搜索结果中选择“PolyA plus RNA-seq of mouse forebrain at E10.5, E11.5, E12.5, E13.5, E14.5, E15.5, E16.5, and P0” 数据集。
4. 在数据集页面中,点击“View on UCSC Genome Browser”链接,进入UCSC Genome Browser。
5. 在UCSC Genome Browser中,选择小鼠(mm10)作为参考基因组。
6. 在搜索框中输入“Pax9”,选择“Genes and Gene Prediction Tracks”中的“NCBI RefSeq Genes (mm10)”。
7. 点击Pax9基因的名称,可以查看该基因的详细信息。
8. 在Pax9基因页面的上方,选择“RNA-seq”选项卡,可以看到该基因在不同发育阶段下的RNA-seq表达情况。
9. 点击“View in Genome Browser”按钮,可以在Genome Browser中查看Pax9基因的表达情况。
10. 在Genome Browser中可以对表达情况进行进一步的分析和可视化,例如调整显示范围、添加其他基因等。
通过上述步骤,可以浏览小鼠胚胎发育过程中forebrain组织的polyA plus RNA-seq表达情况,并截取Pax9基因的表达截图。