用ucsc:在mouse mm10基因组中,以NCBI RefSeq基因注释为准,在chr8:122451619-122551999区间中包含几个基因?各个基因转录方向是怎样的?各个基因包含几个转录本?
时间: 2024-06-09 12:08:24 浏览: 224
ucsc-xena-server:交钥匙功能基因组学数据服务器
可以使用UCSC的基因组浏览器进行查询和分析。
1. 首先进入UCSC基因组浏览器(https://genome.ucsc.edu/)。
2. 在搜索栏中选择“Mouse (mm10)”作为基因组版本,输入“chr8:122451619-122551999”作为搜索区间,点击“go”。
3. 在搜索结果页面中,点击“Genes”选项卡,选择“NCBI RefSeq”作为基因注释来源,点击“refresh tracks”更新结果。
4. 查看结果页面中的基因注释信息,可以发现该区间中包含3个基因,分别是:C8orf31、Ttc8、和Nrg1。它们的转录方向如下:
- C8orf31:转录方向为“-”(即反向链)
- Ttc8:转录方向为“-”
- Nrg1:转录方向为“+”(即正向链)
5. 点击每个基因的名称,可以进入该基因的详细注释页面。在该页面中,可以查看该基因包含的转录本数目。根据NCBI RefSeq注释,这些基因的转录本数目如下:
- C8orf31:包含1个转录本
- Ttc8:包含2个转录本
- Nrg1:包含6个转录本
因此,该区间中共包含9个转录本。
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