用ucsc:在mouse mm10基因组中,以NCBI RefSeq基因注释为准,在chr8:122451619-122551999区间中包含几个基因?各个基因转录方向是怎样的?各个基因包含几个转录本?
时间: 2024-06-09 11:08:24 浏览: 26
可以使用UCSC的基因组浏览器进行查询和分析。
1. 首先进入UCSC基因组浏览器(https://genome.ucsc.edu/)。
2. 在搜索栏中选择“Mouse (mm10)”作为基因组版本,输入“chr8:122451619-122551999”作为搜索区间,点击“go”。
3. 在搜索结果页面中,点击“Genes”选项卡,选择“NCBI RefSeq”作为基因注释来源,点击“refresh tracks”更新结果。
4. 查看结果页面中的基因注释信息,可以发现该区间中包含3个基因,分别是:C8orf31、Ttc8、和Nrg1。它们的转录方向如下:
- C8orf31:转录方向为“-”(即反向链)
- Ttc8:转录方向为“-”
- Nrg1:转录方向为“+”(即正向链)
5. 点击每个基因的名称,可以进入该基因的详细注释页面。在该页面中,可以查看该基因包含的转录本数目。根据NCBI RefSeq注释,这些基因的转录本数目如下:
- C8orf31:包含1个转录本
- Ttc8:包含2个转录本
- Nrg1:包含6个转录本
因此,该区间中共包含9个转录本。
相关问题
用ucsc:在mouse mm10基因组中,以NCBI RefSeq基因注释为准,基因Zc3h18包括几个转录本?在第几个外显子上存在exon skipping的选择性剪接现象?,叙述操作步骤
在UCSC Genome Browser中,按照以下步骤进行操作:
1. 打开UCSC Genome Browser网站:https://genome.ucsc.edu/
2. 点击页面左上方的"Genomes",选择"Mouse (mm10)"作为基因组。
3. 点击页面左侧的"Tools",选择"Table Browser"。
4. 在"Table"选项卡中,选择"NCBI RefSeq"作为数据集,并选择"refGene"作为表格。
5. 在"Region"选项卡中,输入"Zc3h18"作为基因名,并选择"gene"作为表格。
6. 在"Output"选项卡中,选择"exons"作为输出项,并勾选"exonStarts"和"exonEnds"。
7. 点击"get output"按钮,将获得Zc3h18基因的所有转录本及其外显子信息。
8. 找到Zc3h18基因的所有转录本,并查看它们的外显子信息。
9. 找到存在exon skipping的选择性剪接现象的外显子,并记录它在基因的第几个外显子上。
用脚本下载HG19/HG38/mm9/mm10 参考基因组
您可以使用以下Python脚本来自动下载UCSC网站上的HG19/HG38/mm9/mm10参考基因组:
```python
import os
import urllib.request
# 定义要下载的基因组版本和数据类型
genome_version = "hg19"
data_type = "chromFa.tar.gz"
# 定义要保存的文件路径
output_folder = "/path/to/output/folder"
# 定义要下载的文件链接
url = "http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/{}/bigZips/{}".format(genome_version, data_type)
# 创建文件夹(如果不存在)
if not os.path.exists(output_folder):
os.makedirs(output_folder)
# 下载文件
output_file = os.path.join(output_folder, data_type)
print("Downloading {}...".format(url))
urllib.request.urlretrieve(url, output_file)
print("Download finished!")
```
在上面的脚本中,您需要指定要下载的基因组版本和数据类型,以及要保存的输出文件夹路径。该脚本会自动从UCSC网站上下载指定版本的参考基因组数据,并将其保存在指定的输出文件夹中。
需要注意的是,该脚本需要在Python环境下运行,并且需要安装相应的依赖库(如urllib)。另外,不同的基因组版本下载链接可能会有所不同,具体操作还需要根据实际情况进行。