"ucsc数据库详解实用.pdf"
UCSC(University of California, Santa Cruz)基因组浏览器是一个强大的在线工具,主要用于浏览、分析和可视化多种物种的基因组数据。它由加州大学圣克鲁兹分校开发,为科研人员提供了一个便捷的方式来探索和理解基因组结构和功能。UCSC基因组浏览器以其丰富的数据集、灵活的定制功能和用户友好的界面而闻名。
1. 数据来源与性质:
UCSC基因组浏览器的数据主要包括两个部分:一部分是通过公开的序列数据计算得出,如NCBI的EST(Expressed Sequence Tags)和mRNA序列;另一部分来自全球各地的科学家贡献的注释信息。浏览器本身并不对数据进行解释或下结论,而是汇集了多种信息供用户进行深入研究和分析。
2. 功能与服务:
- **新闻栏**:提供最新的基因组研究信息和更新内容。
- **总体介绍**:包括详细的浏览器介绍和简单介绍,帮助新用户快速熟悉其功能。
- **自定义轨道(Custom Tracks)**:用户可以上传自己的数据集创建自定义轨道,以便在基因组背景中查看和分析。
- **数据库检索**:支持基于基因名称、mRNA或EST注册号、染色体条带和特定染色体范围的检索。
- **序列相似性搜索**:用户可以通过BLAT等工具进行序列比对,寻找基因组中的相似区域。
3. 输入界面:
用户可以输入搜索实例,例如搜索人类的某个基因,如“human, Mar2006 assembly, BRCA1”。浏览器会展示多个轨道的数据,如基因、转录本、表达调控、比较基因组、变异和重复序列等。
4. 结果显示:
- **基因组注释信息显示窗口**:展示基因、转录本、ESTs、表达水平、调控信息、比较基因组分析、变异和重复序列等多种数据。
- **结果显示页面**:包含多组数据轨道,如mRNA和EST轨道、表达和调控轨道、比较基因组轨道、变异和重复序列轨道、映射和测序轨道,以及基因和基因预测轨道。
5. 示例展示:
- **BRCA1基因示例**:在浏览器中,BRCA1基因的显示包含了基因骨架、STS标记、已知基因、RefSeq基因、人类mRNA、剪接ESTs和保守性评分等信息。颜色和高度差异表示不同区域的保守性,浅黄色表示保守性不确定,单线条则表示序列上没有找到匹配的保守序列。
6. 数据可视化:
- **颜色编码**:不同颜色和高度代表不同的信息,比如保守性强度,有助于用户直观地识别基因组中的关键特征。
UCSC基因组浏览器作为一个强大的分析工具,极大地推动了基因组学研究,使得研究人员能够深入探究基因组的复杂性和多样性,为遗传疾病的研究、基因功能的鉴定和进化分析提供了宝贵的平台。