用C语言写一份CpG岛的预测程序

CpG岛是指DNA序列中富含 CpG碱基对（胞嘧啶-鸟嘌呤）的区域，它们在基因组中具有生物学意义。编写一个C语言程序来预测 CpG岛通常涉及几个步骤，包括读取DNA序列、计算 CpG频率并确定阈值等。这里提供一个简单的示例框架：

#include <stdio.h>
#include <string.h>

// 定义 CpG岛的简单函数
int is_CpG_island(char* sequence, int threshold) {
    int len = strlen(sequence);
    int cpg_count = 0;

    for (int i = 0; i < len - 1; i++) { // 避免最后一个碱基是 Cp 或 G
        if (sequence[i] == 'C' && sequence[i + 1] == 'G') {
            cpg_count++;
        }
    }

    // 计算 CpG 密度并判断是否超过阈值
    double density = ((double)cpg_count) / (len / 2); // 除以 2 因为每次检查两个碱基
    return density >= threshold;
}

int main() {
    char dna_seq[] = "ATCGCGTCCCGGG"; // 示例 DNA 序列
    const int cpg_threshold = 0.6; // 预测 CpG 岛的最低密度

    if (is_CpG_island(dna_seq, cpg_threshold)) {
        printf("Sequence %s contains a CpG island.\n", dna_seq);
    } else {
        printf("Sequence %s does not contain a CpG island above the given threshold.\n", dna_seq);
    }

    return 0;
}

这个程序只是一个基础示例，实际应用中可能需要处理更复杂的序列数据，例如从文件读取或网络接收，并可能包含更多的数据分析和可视化功能。