运用DeepWalk对图进行嵌入并做网络重建,网络重建的结果用precision@5评价。给出python代码。
时间: 2024-03-23 14:38:52 浏览: 204
python毕业设计,图嵌入的两种方法GCN与Deepwalk总结对比+源代码+文档说明
首先,需要安装 `networkx` 和 `gensim` 库。
以下是使用 DeepWalk 进行图嵌入和网络重建,并使用 precision@5 评价的 Python 代码:
```python
import networkx as nx
from gensim.models import Word2Vec
# 加载图数据
G = nx.read_edgelist('graph.txt', nodetype=int)
# 使用 DeepWalk 进行图嵌入
model = Word2Vec(nx.random_walk.RandomWalk(G, walk_length=10, num_walks=80), size=128, window=5, min_count=0, sg=1, workers=4)
# 构建节点嵌入字典
embeddings = {}
for node in G.nodes():
embeddings[node] = model.wv[str(node)]
# 构建重建图
edges = []
nodes = list(G.nodes())
for i in range(len(nodes)):
for j in range(i+1, len(nodes)):
edges.append((nodes[i], nodes[j], -1 * sum([(embeddings[nodes[i]][k] - embeddings[nodes[j]][k]) ** 2 for k in range(128)])))
# 按权值从大到小排序
edges = sorted(edges, key=lambda x: x[2], reverse=True)
# 构建重建图
new_G = nx.Graph()
new_G.add_nodes_from(nodes)
for i in range(len(nodes)):
for j in range(i+1, len(nodes)):
new_G.add_edge(nodes[i], nodes[j], weight=-1 * sum([(embeddings[nodes[i]][k] - embeddings[nodes[j]][k]) ** 2 for k in range(128)]))
# 评价重建结果
precision_5 = 0
for node in nodes:
neighbors = [n for n, _ in sorted(new_G[node].items(), key=lambda x: x[1]['weight'], reverse=True)[:5]]
precision_5 += len(set(neighbors) & set(G[node])) / 5.0
print("Precision@5: %.4f" % (precision_5 / len(nodes)))
```
在代码中,我们首先加载了图数据,然后使用 `gensim` 库中的 `Word2Vec` 模型对图进行嵌入学习。接着,我们将所有节点的嵌入向量存储到一个字典中。然后,我们根据节点之间的嵌入向量距离构建了一个重建图,其中边的权值是节点嵌入向量距离的相反数。最后,我们使用 `precision@5` 评价了重建图的效果。
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