dgl 加载bin文件,获得邻接矩阵
时间: 2023-08-18 22:05:16 浏览: 185
要加载一个bin文件并获得邻接矩阵,可以使用dgl提供的load_graphs函数。具体步骤如下:
1. 导入dgl和pickle模块:
```python
import dgl
import pickle
```
2. 使用pickle.load函数加载bin文件中的图数据:
```python
with open('graph.bin', 'rb') as f:
graph_data = pickle.load(f)
```
3. 将图数据转换为dgl图对象:
```python
graph = dgl.graph(graph_data['edge_index'])
```
4. 调用dgl.graph中的to_dense()方法,将邻接矩阵转换为稠密矩阵:
```python
adj_matrix = graph.adjacency_matrix().to_dense()
```
至此,您就可以获得邻接矩阵了。需要注意的是,如果您的图是有向图,则需要在创建dgl图对象时指定参数is_directed=True。
相关问题
dgl 加载bin文件,获得邻接矩阵,不允许使用adj_matrix = graph.adjacency_matrix()
如果您不想使用`adj_matrix = graph.adjacency_matrix()`来获得邻接矩阵,可以使用以下方法:
方法一:使用`dgl.to_networkx`将dgl图对象转换为NetworkX图对象,然后使用NetworkX提供的方法获得邻接矩阵:
```python
import dgl
import networkx as nx
import numpy as np
with open('graph.bin', 'rb') as f:
graph_data = np.load(f, allow_pickle=True)
graph = dgl.graph((graph_data['edge_index'][0], graph_data['edge_index'][1]))
nx_graph = dgl.to_networkx(graph)
adj_matrix = nx.adjacency_matrix(nx_graph)
```
方法二:使用`dgl.to_scipy`将邻接矩阵转换为稀疏矩阵,然后使用`toarray()`方法将稀疏矩阵转换为稠密矩阵:
```python
import dgl
import numpy as np
with open('graph.bin', 'rb') as f:
graph_data = np.load(f, allow_pickle=True)
graph = dgl.graph((graph_data['edge_index'][0], graph_data['edge_index'][1]))
adj_matrix = dgl.to_scipy(graph.adjacency_matrix())
dense_matrix = adj_matrix.toarray()
```
需要注意的是,这两种方法都会将邻接矩阵转换为稠密矩阵,如果邻接矩阵过大,可能会导致内存溢出或性能问题。如果需要处理大规模的邻接矩阵,建议使用稀疏矩阵进行计算。
dgl 加载bin文件,获得邻接矩阵,不允许使用adj_matrix = graph.adjacency_matrix().to_dense()
如果您不想使用`adj_matrix = graph.adjacency_matrix().to_dense()`来获得邻接矩阵,可以使用以下方法:
方法一:使用`dgl.to_scipy`将邻接矩阵转换为稀疏矩阵,然后使用`toarray()`方法将稀疏矩阵转换为稠密矩阵:
```python
import dgl
import numpy as np
with open('graph.bin', 'rb') as f:
graph_data = np.load(f, allow_pickle=True)
graph = dgl.graph((graph_data['edge_index'][0], graph_data['edge_index'][1]))
adj_matrix = dgl.to_scipy(graph.adjacency_matrix())
dense_matrix = adj_matrix.toarray()
```
方法二:使用`dgl.backend.numpy()`将邻接矩阵转换为numpy数组,然后使用`numpy.ndarray`的`tolist()`方法将numpy数组转换为Python列表:
```python
import dgl
import numpy as np
with open('graph.bin', 'rb') as f:
graph_data = np.load(f, allow_pickle=True)
graph = dgl.graph((graph_data['edge_index'][0], graph_data['edge_index'][1]))
adj_matrix = graph.adjacency_matrix()
dense_matrix = dgl.backend.numpy()((adj_matrix != 0).astype(np.int32)).tolist()
```
需要注意的是,这两种方法都会将邻接矩阵转换为稠密矩阵,如果邻接矩阵过大,可能会导致内存溢出或性能问题。如果需要处理大规模的邻接矩阵,建议使用稀疏矩阵进行计算。
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