16S rDNA怎么找样品间共有的OTU数和特有的OTU数
时间: 2024-04-02 22:34:20 浏览: 77
利用16S rDNA序列对十株根瘤菌系统发育的研究
这是一个IT类问题。对于16S rDNA数据,你可以使用一些常用的生物信息学软件来寻找样品间的共有OTU和特有OTU。其中,可以使用QIIME软件中的beta_diversity.py命令来计算样品间的beta多样性,该命令可以计算各样品之间的Bray-Curtis距离,并用PCoA图展示样品间的相似性关系。在该命令中,你需要指定OTU表格和样品分组信息文件。通过观察PCoA图和计算结果,你可以得到样品间的共有OTU和特有OTU数量。
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