def setgparam(self, Lx2, Ly2, Lz2, timesteps, moltypel, maxr, binsize,numsteps): # uses side lengths to set the maximum radius for box and number of bins # also sets the first line using data on firststep and number of atoms firststep = numsteps-timesteps if maxr == None: maxr = min(Lx2, Ly2, Lz2) else: maxr = float(maxr) numbins = int(np.ceil(maxr / binsize)) count = firststep g = np.zeros((len(moltypel), len(moltypel), numbins)) return maxr, numbins, count, g, firststep
时间: 2024-01-24 15:02:23 浏览: 91
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这段代码是用来设置分析分子动力学模拟结果的参数的。其中输入的参数包括 Lx2, Ly2, Lz2,分别代表模拟系统在 x, y, z 方向上的尺寸;timesteps 代表模拟的总步数;moltypel 是一个列表,包含不同分子的类型;maxr 代表最大半径;binsize 代表每个 bin 的大小;numsteps 代表模拟的总步数。
函数中首先根据 Lx2, Ly2, Lz2 确定最大半径 maxr,然后根据 binsize 计算出总的 bin 数量 numbins。接着根据输入的参数计算出第一行数据的信息,并初始化一个 g 矩阵,用于记录不同分子之间的 g(r)。
最后返回设置好的参数值,包括 maxr, numbins, count, g, firststep。
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