import mysql.connector import yaml import os def get_mysql_config(): config_file = os.path.join(os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)), '..', 'config', 'config.yaml') try: with open(config_file, encoding='utf-8') as f: config = yaml.safe_load(f) return config['mysql'] except IOError: print('文件不存在,新建 config/config.yaml 文件...') config = {'mysql': { 'host': 'localhost', 'port': 3306, 'user': 'root', 'password': 'password', 'database': 'jobs' }} with open('config/config.yaml', 'w') as f: yaml.dump(config, f) return config['mysql']

时间: 2023-07-15 18:12:32 浏览: 31
这段代码实现了从 YAML 配置文件中获取 MySQL 数据库连接参数的功能。首先,它导入了 `mysql.connector` 和 `yaml` 模块,并且使用了 `os` 模块获取了配置文件的路径。然后,它定义了一个函数 `get_mysql_config()`,该函数会尝试读取配置文件并返回 MySQL 数据库连接参数。如果配置文件不存在,则会创建一个新的配置文件,并返回默认的连接参数。 具体地,`get_mysql_config()` 函数首先尝试打开配置文件,使用 `yaml.safe_load()` 函数将 YAML 格式的文本转换为 Python 对象。然后,它从 Python 对象中获取 `mysql` 字段对应的值,即 MySQL 数据库连接参数。如果配置文件不存在,那么它会创建一个默认的配置文件,并将默认的连接参数写入该文件中。最后,函数返回 MySQL 数据库连接参数。
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import os yaml_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))), 'data', 'GuanWang.yaml') ini_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.realpath('__file__'))), 'data', 'GuanWang.ini') print(ini_path) class FileRead: def __init__(self): self.yaml_path = yaml_path self.ini_path = ini_path def read_yaml(self): f = open(self.yaml_path, encoding='utf-8')代码解释

1. The code imports the 'os' module. 2. The code sets the 'yaml_path' variable to the path of the 'GuanWang.yaml' file. 3. The code sets the 'ini_path' variable to the path of the 'GuanWang.ini' file. 4. The 'print' statement is used to print the 'ini_path' variable to the console. 5. The 'FileRead' class is defined. 6. The 'self.yaml_path' and 'self.ini_path' instance variables are initialized to the 'yaml_path' and 'ini_path' variables, respectively. 7. The 'read_yaml' method is defined. 8. The 'open' function is used to open the 'yaml_path' file in read mode with the 'utf-8' encoding. 9. The opened file object is returned.

具体解释import mysql.connector import yaml import os def get_mysql_config(): config_file = os.path.join(os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)), '..', 'config', 'config.yaml') try: with open(config_file, encoding='utf-8') as f: config = yaml.safe_load(f) return config['mysql'] except IOError: print('文件不存在,新建 config/config.yaml 文件...') config = {'mysql': { 'host': 'localhost', 'port': 3306, 'user': 'root', 'password': 'password', 'database': 'jobs' }} with open('config/config.yaml', 'w') as f: yaml.dump(config, f) return config['mysql']

这段代码主要是用来获取 MySQL 数据库的配置信息。代码首先导入了 `mysql.connector`、`yaml` 和 `os` 模块。然后定义了一个名为 `get_mysql_config()` 的函数,该函数会从配置文件中读取 MySQL 数据库的相关配置信息。具体实现步骤如下: 1. 使用 `os.path.abspath(__file__)` 获取当前文件的绝对路径。 2. 使用 `os.path.dirname()` 获取当前文件所在的目录路径。 3. 使用 `os.path.join()` 拼接出配置文件的绝对路径。 4. 使用 `yaml.safe_load()` 方法读取配置文件并将其转换为 Python 对象。 5. 获取 MySQL 数据库的配置信息,并将其作为函数的返回值。 6. 如果配置文件不存在,则新建一个默认的配置文件,并将其作为函数的返回值。 在这段代码中,`config['mysql']` 是一个字典,包含了 MySQL 数据库的相关配置信息,比如主机名、端口号、用户名、密码和数据库名等。可以根据需要进行修改。

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详细逐步解释下列代码:import os.path import re import yaml import csv from tasly import builder_utils ############################ # IntAct - MutationDs # ############################ def parser(databases_directory, download=True): relationships = set() # 加载yml文件 with open('./yml/mutationDsConfig.yml', 'r') as f: config = yaml.safe_load(f) header = config['header'] output_file_name = "mutation_curated_affects_interaction_with.csv" regex = r":(\w+)\(" url = config['mutations_url'] directory = os.path.join(databases_directory, "MutationDs") builder_utils.checkDirectory(directory) file_name = os.path.join(directory, url.split('/')[-1]) if download: builder_utils.downloadDB(url, directory) with open(file_name, 'r', encoding='utf-8') as mf: first = True for line in mf: if first: first = False continue data = line.rstrip("\r\n").split("\t") if len(data) > 12: internal_id = data[0] pvariant= '_'.join(data[1].split(':')) effect = data[5] organism = data[10] interaction = data[11] evidence = data[12] if organism.startswith("9606"): matches = re.finditer(regex, interaction) for matchNum, match in enumerate(matches, start=1): interactor = match.group(1) relationships.add((pvariant, interactor, "CURATED_AFFECTS_INTERACTION_WITH", effect, interaction, evidence, internal_id, "Intact-MutationDs")) # builder_utils.remove_directory(directory) return (relationships, header, output_file_name) if __name__ == '__main__': databases_directory = './databases' relationships, header, output_file_name = parser(databases_directory, download=True) # 新建CSV文件并写入表头 with open(os.path.join('./databases/MutationDs', output_file_name), 'w', newline='', encoding='utf-8') as f: writer = csv.writer(f) writer.writerow(header) for item in relationships: writer.writerow(item) print("Data saved to {} successfully!".format('entities.csv'))

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