修改代码,Traceback (most recent call last): File "ADF2.py", line 22, in <module> adf = atoms.get_atomic_distribution_function(rmin=0, rmax=cutoff, nbins=100) AttributeError: 'Atoms' object has no attribute 'get_atomic_distribution_function'
时间: 2024-03-17 07:42:15 浏览: 73
上述错误提示表明,在 `Atoms` 对象中没有名为 `get_atomic_distribution_function` 的方法。这可能是因为 `Atoms` 对象不是使用 `pymatgen` 库的 `Atom` 类创建的。
以下是一个示例代码,使用 `Atom` 类来创建一个 `Atoms` 对象,并计算其ADF原子分布函数:
```python
from pymatgen.core.structure import Structure
from pymatgen.analysis.local_env import ADF
# 读入POSCAR文件
structure = Structure.from_file("POSCAR")
# 构建Atoms对象
atoms = ADF.get_atoms(structure)
# 计算ADF原子分布函数
cutoff = 10 # ADF分析半径
adf = atoms.get_atomic_distribution_function(rmin=0, rmax=cutoff, nbins=100)
# 将ADF原子分布函数保存至文件
with open("adf.csv", "w") as f:
for r, g_r in zip(adf.r, adf.g_r):
f.write("{},{}\n".format(r, g_r))
```
在该代码中,使用 `Structure.from_file()` 方法读入一个POSCAR文件,并使用 `ADF.get_atoms()` 静态方法构建一个 `Atoms` 对象。接着,使用 `Atoms` 对象的 `get_atomic_distribution_function()` 方法计算ADF原子分布函数,并将结果保存至文件。
需要注意的是,该代码中使用的 `ADF` 类需要先安装 `pymatgen` 的 `analysis` 子模块,可以通过以下命令安装:
```
pip install pymatgen[analysis]
```
同时,该代码只是一个示例,实际应用时可能需要根据具体需求进行修改。
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