如何用python实现将多个子文件夹的nrrd图像批量转换为nii图像，并保存到原文件夹中？

在Python中，你可以使用一些开源库如`niioptics`或`nibabel`来处理nrrd和nii格式的医学图像数据。以下是一个简化的步骤说明：

1. 首先，确保安装了必要的库，如果没有，可以使用`pip`安装：

pip install nibabel niioptics

2. 导入所需的模块：

import os
from glob import glob
import nibabel as nib
from niioptics.io import save_nifti

3. 定义一个函数，遍历指定路径下的所有.nrrd文件，将其转换并保存为.nii：

def convert_nrrd_to_nii(input_dir, output_dir):
    input_pattern = os.path.join(input_dir, "*.nrrd")
    
    for nrrd_file in glob(input_pattern):
        # 读取nrrd文件
        img_nrrd = nib.load(nrrd_file)
        
        # 创建nii文件名，通常保留原文件名扩展名
        nii_file_name = os.path.splitext(os.path.basename(nrrd_file))[0] + ".nii"
        output_path = os.path.join(output_dir, nii_file_name)
        
        # 将nrrd转换为nii并保存
        save_nifti(img_nrrd, output_path)

# 使用函数，例如从input_folder转换到output_folder
input_folder = "path/to/source/folder"
output_folder = "path/to/save/converted/images"
convert_nrrd_to_nii(input_folder, output_folder)

4. 运行这个脚本后，它会查找`input_folder`中所有`.nrrd`文件，将它们转换成`.nii`格式，并保存在`output_folder`。

注意：在实际使用前，确认输入目录和输出目录存在并且有适当的权限。