Ubuntu安装dssp

DSSP（Dictionary of Secondary Structure of Proteins）是一种用于蛋白质结构分析的工具，它可以识别蛋白质三维结构中的二级结构元素，并且将其以DSSP格式输出。在Ubuntu系统上安装DSSP，可以通过以下步骤进行：

1. 打开终端。

2. 首先确保你的系统是最新的，运行以下命令更新系统：

   sudo apt update
   sudo apt upgrade

3. 安装编译DSSP所需的依赖项。DSSP是一个使用Fortran编写的程序，因此需要Fortran编译器以及相关库文件：

   sudo apt install gfortran
   sudo apt install liblapack-dev

4. 接下来，下载DSSP源代码。通常你可以从官方网站或GitHub上获取最新版本的DSSP。使用`wget`命令下载DSSP的压缩包：

   wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/local/dssp/dssp-2.0.4.tar.gz

5. 解压下载的压缩包：

   tar -xvzf dssp-2.0.4.tar.gz

6. 进入解压后的文件夹，并编译DSSP：

   cd dssp-2.0.4
   make

7. 如果编译成功，你可以在`dssp-2.0.4`目录下找到编译后的`mkdssp`可执行文件。

8. 为了能够全局调用`mkdssp`命令，通常需要将该可执行文件复制到系统的某个目录下，例如`/usr/local/bin`：

   sudo cp mkdssp /usr/local/bin/

9. 为了确保系统能找到DSSP的配置文件，你可能需要设置相应的环境变量。DSSP的配置文件通常在`dssp-2.0.4`目录下，名为`DSSPpar`。你可以将其复制到`/etc`目录或者设置环境变量指向该文件所在的位置。

完成以上步骤后，你应该可以在Ubuntu系统上使用DSSP了。运行DSSP前，确保环境变量设置正确，并且输入的文件格式是DSSP支持的蛋白质结构文件格式，通常是PDB格式。