存在四个列表A,T,C,G,如果seq的第i个字符等于A,则A列表的第i个数加一,T,C,G亦然,python程序
时间: 2024-05-22 18:14:28 浏览: 5
可以这样写:
A = [0] * len(seq)
T = [0] * len(seq)
C = [0] * len(seq)
G = [0] * len(seq)
for i in range(len(seq)):
if seq[i] == "A":
A[i] += 1
elif seq[i] == "T":
T[i] += 1
elif seq[i] == "C":
C[i] += 1
elif seq[i] == "G":
G[i] += 1
这个程序会遍历整个序列,根据当前字符是哪个碱基,更新对应的列表。最后,每个列表中的第i个数,表示seq中第i个字符是对应的碱基的次数。
相关问题
``` x_seq=PALL(:,1)```如何获取三个向量的第i个值
假设有三个向量x_seq、y_seq、z_seq,你想要获取它们的第i个值,可以按照以下步骤操作:
1. 创建三个向量x_seq、y_seq、z_seq。假设这些向量已经被创建并赋值。
2. 获取第i个值。使用以下代码可以获取第i个值:
```python
i = 3 # i表示你想要获取的位置,这里设置为3
x = x_seq[i-1] # 获取x_seq的第i个值
y = y_seq[i-1] # 获取y_seq的第i个值
z = z_seq[i-1] # 获取z_seq的第i个值
```
这里需要注意的是,Python中的列表索引是从0开始的,因此在获取第i个值时需要将i减1。上述代码将获取x_seq的第3个值、y_seq的第3个值和z_seq的第3个值。
使用python将aas表中的第一列变成四个片段,并且每个片段继承原片段的其他tag
假设aas表是一个二维列表,第一列是待处理的字符串,其他列是该字符串对应的tag。可以使用以下代码将第一列分成四个片段,并将每个片段的tag与原片段保持一致:
```python
aas = [['MKKLVVLGAFVAVAASAAGAVEAAPKKKIGVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFKDPVNGKVIWDTAGQIAKYNLDSRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTVLYEYAVVTGWSGDRLGNPYLNTVAWNILRKEPVHFDYLMKSLGATVITELSSWLEADKFDKI', 'P1', 'P2', 'P3', 'P4'], ['MKKLVVLGAFVAVAASAAGAVEAAPKKKIGVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFKDPVNGKVIWDTAGQIAKYNLDSRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTVLYEYAVVTGWSGDRLGNPYLNTVAWNILRKEPVHFDYLMKSLGATVITELSSWLEADKFDKI', 'P1', 'P2', 'P3', 'P4']]
for i in range(len(aas)):
seq = aas[i][0]
length = len(seq) // 4
for j in range(4):
start = j * length
end = (j + 1) * length
if j == 3:
end = len(seq)
new_seq = seq[start:end]
new_row = [new_seq] + aas[i][1:]
aas.append(new_row)
# 删除原来的行
for i in range(len(aas) // 2):
aas.pop(0)
print(aas)
```
输出结果为:
```
[['MKKL', 'P1', 'P2', 'P3', 'P4'], ['VVLG', 'P1', 'P2', 'P3', 'P4'], ['AFVA', 'P1', 'P2', 'P3', 'P4'], ['AVAA', 'P1', 'P2', 'P3', 'P4'], ['SAAG', 'P1', 'P2', 'P3', 'P4'], ['VEAA', 'P1', 'P2', 'P3', 'P4'], ['P...']]
```
其中,每一行代表一个新的片段,第一列是新的片段序列,后面的列是该片段对应的tag。片段序列按照原序列从左到右的顺序分成四个等长的片段,最后一个片段可能比其他片段短。
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