写一段化合物片段的打分函数
时间: 2023-12-23 10:02:06 浏览: 25
化合物片段的打分函数可以用于评估化合物片段的性质和贡献程度。以下是一个简单的化合物片段打分函数的示例,其中使用了RDKit分子描述符和化合物片段库:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Descriptors
from rdkit.Chem import rdMolDescriptors
# 定义化合物片段打分函数
def fragment_score(mol, fragment_lib):
# 将分子对象分解为所有可能的分子片段
fragments = Chem.MolFragmentToSmiles(mol, frags=None, maxResults=1000000, \
canonical=True, isomericSmiles=False, kekuleSmiles=False, \
allBondsExplicit=False, allHsExplicit=False, doRandom=False)
# 初始化分数为0
score = 0
# 计算每个分子片段的得分
for f in fragments:
if f in fragment_lib:
score += fragment_lib[f]
else:
# 如果分子片段不在库中,则使用RDKit分子描述符计算得分
mol_frag = Chem.MolFromSmiles(f)
score += Descriptors.MolWt(mol_frag) + \
rdMolDescriptors.CalcNumRotatableBonds(mol_frag)
return score
```
该函数的输入参数包括一个RDKit分子对象和一个化合物片段库。函数首先将输入的分子对象分解为所有可能的分子片段,然后计算每个分子片段的得分。如果分子片段在库中,则使用预定义的分数;否则,函数使用RDKit分子描述符计算得分。最终,函数将所有分子片段的得分相加,并将总得分作为函数的输出返回。
在实际应用中,可以使用该函数对多个化合物片段进行评价,并比较它们之间的得分来确定最有前途的化合物片段。