Error: unexpected symbol in: "model <- gam(Y ~ s(X1)+s(X2)+s(X3)+s(X4)+s(X5), method = "REML", penalties = list(lm = 1) summary"

这个错误是因为在你的代码中，你在 `penalties` 参数中使用了 `list(lm = 1) summary` 这个表达式，而它是不合法的，应该将它分成两行写。你可以尝试将代码修改为如下形式：

model <- gam(Y ~ s(X1) + s(X2) + s(X3) + s(X4) + s(X5), method = "REML", 
             penalties = list(lm = 1))
summary(model)

这样应该就可以避免这个错误了。

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pheatmap(hmExp, + annotation_col =Type, + color <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(50) + cluster_cols =F, Error: unexpected symbol in: " color <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(50) cluster_cols"

在的代码中，出现了一个语法错误。在`color`参数时，你使用了``符号，而应该使用等号`=`。

正确的代码应该是：

pheatmap(hmExp, 
         annotation_col = Type, 
         color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(50),
         cluster_cols = F)

请注意，等号`=`用于给参数赋值，而不是使用 `<-`。修改后的代码应该能够正常运行。

Error: unexpected symbol in: "cox_model <- coxph(Surv(T, E) ~ original:firstorder:RobustMeanAbsoluteDeviation + log-sigma-4-0-mm-3D"

这个错误是因为变量名中含有特殊字符（如'-'），需要使用反引号（`）将变量名括起来，以避免 R 解释器将其识别为语法错误。

以下是修正后的代码：

library(survival)

# 基于数据集df构建COX模型
cox_model <- coxph(Surv(T, E) ~ `original:firstorder:RobustMeanAbsoluteDeviation` + 
                        `log-sigma-4-0-mm-3D:firstorder:InterquartileRange` + 
                        `log-sigma-5-0-mm-3D:glszm:SmallAreaEmphasis` + 
                        `wavelet-LLH:firstorder:InterquartileRange` + 
                        `wavelet-LLH:firstorder:Uniformity` + 
                        `wavelet-HHL:firstorder:Mean` + 
                        `wavelet-HHH:firstorder:Mean` + 
                        `wavelet-LLL:glcm:Autocorrelation` + 
                        `wavelet-LLL:glcm:ClusterProminence`, data = df)

# 输出COX模型的摘要信息
summary(cox_model)

请注意，变量名使用反引号括起来是一种处理含有特殊字符的变量名的通用方法，可以在其他情况下使用。