pca=PCA() pca.fit(X) eigenvalues = pca.explained_variance_ cumulative_variances = np.cumsum(eigenvalues) / np.sum(eigenvalues) plt.plot(range(1, len(eigenvalues) + 1), cumulative_variances, marker='o') plt.xlabel('Number of components') plt.ylabel('Cumulative variance ratio') plt.title('Scree plot') plt.show()

时间: 2023-06-26 20:06:15 浏览: 62
这段代码使用PCA算法对数据X进行降维,并绘制Scree plot(屏幕图)。Scree plot是一种可视化方法,用于帮助我们确定应该保留多少主成分(即降维后的特征数量),以保留原始数据中的信息量。在Scree plot中,横坐标表示主成分数量,纵坐标表示累计方差比率,即前n个主成分解释的方差总和与所有主成分解释的方差总和的比率。因此,当我们选择保留n个主成分时,累计方差比率告诉我们我们仍然保留了原始数据的多少信息。在这个例子中,我们使用PCA算法对数据进行降维,并绘制Scree plot来帮助我们确定应该保留多少主成分。
相关问题

pca = PCA() pc = pca.fit_transform(iris_X) pca.explained_variance_ratio_

这段代码使用PCA算法对iris_X数据进行降维,并输出每个主成分解释的方差占比。 具体解释如下: - 首先创建了一个PCA对象,即pca = PCA()。 - 然后使用fit_transform函数对iris_X进行降维,得到降维后的结果pc。 - 最后使用explained_variance_ratio_属性输出每个主成分解释的方差占比。 解释方差占比是PCA算法中常用的一个指标,它表示每个主成分所解释的方差占总方差的比例,可以用来评估降维后保留多少信息。更具体地说,如果某个主成分的解释方差占比很高,说明这个主成分对数据的影响很大,保留它可以保留更多的信息;反之,如果解释方差占比很低,说明这个主成分对数据的影响很小,可以考虑舍弃它。

explained_variance_ratio = pca.explained_variance_ratio_

This variable stores the explained variance ratio of each principal component in the PCA analysis. It is an array of length equal to the number of principal components computed in the analysis. The value of each element represents the proportion of the total variance in the data that is explained by the corresponding principal component. The sum of all elements in the array is equal to 1.0. This information can be used to determine the number of principal components needed to capture a certain percentage of the total variance in the data. For example, if the first two principal components have an explained variance ratio of 0.5 and 0.3, respectively, then these two components capture 80% of the total variance in the data.

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import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from sklearn import datasets from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D from sklearn.decomposition import PCA from sklearn.preprocessing import StandardScaler data=pd.read_csv('H:/analysis_results/mean_HN.csv') data.head() x=data.iloc[:,1:7] y=data.iloc[:,6] scaler=StandardScaler() scaler.fit(x) x_scaler=scaler.transform(x) print(x_scaler.shape) pca=PCA(n_components=3) x_pca=pca.fit_transform(x_scaler) print(x_pca.shape) #查看各个主成分对应的方差大小和占全部方差的比例 #可以看到前2个主成分已经解释了样本分布的90%的差异了 print('explained_variance_:',pca.explained_variance_) print('explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_) print('total explained variance ratio of first 6 principal components:',sum(pca.explained_variance_ratio_)) #将分析的结果保存成字典 result={ 'explained_variance_:',pca.explained_variance_, 'explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_, 'total explained variance ratio:',np.sum(pca.explained_variance_ratio_)} df=pd.DataFrame.from_dict(result,orient='index',columns=['value']) df.to_csv('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.csv') #可视化各个主成分贡献的方差 #fig1=plt.figure(figsize=(10,10)) #plt.rcParams['figure.dpi'] = 300#设置像素参数值 plt.rcParams['path.simplify'] = False#禁用抗锯齿效果 plt.figure() plt.plot(np.arange(1,4),pca.explained_variance_,color='blue', linestyle='-',linewidth=2) plt.xticks(np.arange(1, 4, 1))#修改X轴间隔为1 plt.title('PCA_plot_HN') plt.xlabel('components_n',fontsize=16) plt.ylabel('explained_variance_',fontsize=16) #plt.savefig('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.png') plt.show()报错'numpy.float64' object is not iterable,如何修改

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