使用加权共表达网络分析包中的good Sample Genes函数去除ver base小于3的mRNA和miRNA

加权共表达网络分析包中的`goodSamplesGenes`函数可以用于从数据集中去除不可靠或低质量的样本和基因。如果您想将mRNA和miRNA的表达数据中的verbase小于3的数据去除，可以先将数据读入R中，然后进行数据预处理。以下是一些可能的步骤：

1. 假设您已经将mRNA和miRNA的表达数据存储在名为`mRNA_data`和`miRNA_data`的数据框中，其中每一行表示一个样本，每一列表示一个基因的表达值。

2. 首先，您可以计算每个样本和每个基因的verbase值。假设verbase值的计算公式为`verbase = log2(expression + 1) * sqrt(num_samples - num_expressed)`，其中`expression`是该基因在该样本中的表达值，`num_samples`是总样本数，`num_expressed`是该基因在所有样本中表达的样本数。您可以使用以下代码计算verbase值：

mRNA_verbase <- log2(mRNA_data + 1) * sqrt(nrow(mRNA_data) - rowSums(is.na(mRNA_data)))
miRNA_verbase <- log2(miRNA_data + 1) * sqrt(nrow(miRNA_data) - rowSums(is.na(miRNA_data)))

3. 然后，您可以将verbase小于3的基因和样本从数据框中去除。您可以使用以下代码实现：

# 移除verbase小于3的mRNA数据
mRNA_data <- mRNA_data[, mRNA_verbase >= 3]
mRNA_data <- mRNA_data[rowSums(is.na(mRNA_data)) == 0, ]

# 移除verbase小于3的miRNA数据
miRNA_data <- miRNA_data[, miRNA_verbase >= 3]
miRNA_data <- miRNA_data[rowSums(is.na(miRNA_data)) == 0, ]

这段代码的意思是，首先移除verbase小于3的基因，然后移除在该基因下没有任何一个样本表达的基因，最后移除verbase小于3的样本。这样，您就可以将verbase小于3的数据从mRNA和miRNA的表达数据中去除了。