请用pandas库读入csv文件中一列smiles数据,并按行遍历
时间: 2024-05-11 08:13:51 浏览: 116
以下是使用pandas库读取csv文件中一列smiles数据,并按行遍历的示例代码:
```python
import pandas as pd
# 读取csv文件
data = pd.read_csv('data.csv')
# 获取smiles列数据
smiles_data = data['smiles']
# 按行遍历smiles数据
for index, smiles in smiles_data.iteritems():
print('Row', index+1, ':', smiles)
```
其中,`data.csv`是需要读取的csv文件名,`smiles`是csv文件中的一列数据名称。使用`pd.read_csv()`函数读取csv文件,再使用`data['smiles']`获取smiles列数据。最后使用`iteritems()`函数按行遍历smiles数据,并使用`print()`函数输出每行数据。
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请用pandas库读入csv文件中一列smiles数据,并将其依次转换为mol格式
以下是Python代码示例:
```python
import pandas as pd
from rdkit import Chem
# 读入csv文件中的smiles列
df = pd.read_csv('data.csv')
smiles_list = df['smiles']
# 将smiles转换为mol格式
mol_list = []
for smiles in smiles_list:
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
mol_list.append(mol)
```
其中,`data.csv`是包含smiles数据的csv文件。使用`pd.read_csv()`函数可以读入csv文件,然后使用`df['smiles']`选取其中的smiles列。接着,使用RDKit库中的`Chem.MolFromSmiles()`函数将每个smiles字符串转换为mol格式,最终得到一个mol对象的列表。
用pandas库读入csv文件中一列smiles数据,并将其依次转换为mol格式,再用QED模块计算类药性,并写入原csv表格中
以下是一个示例代码,假设csv文件名为data.csv,smiles数据在第一列,需要安装rdkit、pandas和py3Dmol库:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import QED
import pandas as pd
import py3Dmol
# 读入csv文件
df = pd.read_csv('data.csv')
# 将smiles数据转换为mol格式,并计算QED值
qeds = []
for smiles in df.iloc[:, 0]:
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
qed = QED.qed(mol)
qeds.append(qed)
# 将QED值添加到原表格中
df['QED'] = qeds
# 展示一个分子的3D结构
mol = Chem.MolFromSmiles(df.iloc[0, 0])
mb = Chem.MolToMolBlock(mol)
v = py3Dmol.view(width=400, height=400)
v.addModel(mb, 'sdf')
v.setStyle({'stick': {}})
v.setBackgroundColor('0xeeeeee')
v.zoomTo()
v.show()
```
这段代码首先读入csv文件,然后用循环将每个smiles数据转换为mol格式,并计算QED值,最后将QED值添加到原表格中。在最后展示了第一个分子的3D结构,需要用py3Dmol库渲染。需要注意的是,这段代码假设smiles数据在第一列,如果不是需要修改`df.iloc[:, 0]`的索引。
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