写一个python脚本，利用sys、pysam，输入txt文件和snoRNA的bed位置文件，提取txt文件中第一列的snoRNA_name，按照bed文件的位置在人类基因组文件hg38.fa中，提取这些RNA的上游50bp序列，考虑正负链，输出到一个fasta文件里

好的，这是你的第一个问题，以下是Python脚本的代码：

import sys
import pysam

# 读取txt文件中第一列的snoRNA_name
snoRNA_names = []
with open(sys.argv[1], 'r') as f:
    for line in f:
        snoRNA_name = line.strip().split()[0]
        snoRNA_names.append(snoRNA_name)

# 读取snoRNA的bed位置文件，获取snoRNA的上下文50bp序列
with open(sys.argv[2], 'r') as f:
    for line in f:
        fields = line.strip().split()
        chrom, start, end, name, score, strand = fields
        if name in snoRNA_names:
            start = int(start)
            end = int(end)
            if strand == '+':
                upstream_start = max(0, start - 50)
                upstream_end = start
            else:
                upstream_start = end
                upstream_end = end + 50
                chrom_seq = pysam.FastaFile('hg38.fa').fetch(chrom, upstream_start, upstream_end)
                if strand == '-':
                    chrom_seq = reverse_complement(chrom_seq)
                fasta_seq = f'>{name}\n{chrom_seq}\n'
                with open('snoRNA_upstream.fasta', 'a') as f_out:
                    f_out.write(fasta_seq)

请注意，此脚本需要两个参数：输入的txt文件和snoRNA的bed位置文件。此外，您需要将人类基因组文件hg38.fa放在脚本所在的目录中。

我会在后续的回答中等待你的问题。