model=logisticRegression(max_iter=0,random_state=0).fit(x,y)

时间: 2024-04-21 22:28:14 浏览: 178
这是使用逻辑回归算法建立模型,其中 max_iter=0 表示训练过程中不进行迭代,random_state=0 表示随机种子的值为0,fit(x,y) 表示对数据进行拟合。逻辑回归算法常用于二分类问题,其中 x 表示训练数据的特征,y 表示训练数据的标签。需要注意的是,模型的训练数据和测试数据的划分、特征处理等步骤也会对模型的性能产生影响,需要根据具体问题进行优化调整。另外,在将模型应用于新数据时,需要对特征进行预处理和标准化,以保证模型的准确性和稳定性。
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from gensim.models import word2vec model = word2vec.Word2Vec.load('C:\\Users\\86157\\Desktop\\Course\\AI\\model_300dim.pkl') from mol2vec.features import mol2alt_sentence,mol2sentence, MolSentence ,DfVec, sentences2vec data['sentence'] = data.apply(lambda x:MolSentence(mol2alt_sentence(x['mol'],1)),axis =1) data['mol2vec'] = [DfVec(x) for x in sentences2vec(data['sentence'], model, unseen='UNK')] X_mol = np.array([x.vec for x in data['mol2vec']]) X_mol = pd.DataFrame(X_mol) X_mol.columns = X_mol.columns.astype(str) new_data = pd.concat((X,X_mol),axis = 1) x_train,x_test,y_train,y_test = train_test_split(new_data,y ,test_size=.20 ,random_state = 1) x_train = StandardScaler().fit_transform(x_train) x_test = StandardScaler().fit_transform(x_test) lr = LogisticRegression(max_iter=10000) lr.fit(x_train,y_train) evaluation_class(lr,x_test,y_test) rf=RandomForestClassifier(max_depth=4,random_state=0) rf.fit(x_train,y_train) evaluation_class(rf,x_test,y_test) sm = svm.SVC(gamma='scale',C=1.0,decision_function_shape='ovr',kernel='rbf',probability=True) sm.fit(x_train,y_train) evaluation_class(sm,x_test,y_test)

这段代码看起来是在进行分子描述符的提取,然后使用不同的分类器进行分类。其中使用了gensim库中的word2vec模型进行分子描述符的提取,使用了mol2vec库中的MolSentence和sentences2vec函数,最后将提取得到的分子描述符和原始数据合并后,使用LogisticRegression、RandomForestClassifier和SVM进行分类,并使用evaluation_class函数进行评估。不过,由于这段代码的上下文缺失,所以无法确定具体的数据集和任务。

优化这段代码 for j in n_components: estimator = PCA(n_components=j,random_state=42) pca_X_train = estimator.fit_transform(X_standard) pca_X_test = estimator.transform(X_standard_test) cvx = StratifiedKFold(n_splits=5, shuffle=True, random_state=42) cost = [-5, -3, -1, 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15] gam = [3, 1, -1, -3, -5, -7, -9, -11, -13, -15] parameters =[{'kernel': ['rbf'], 'C': [2x for x in cost],'gamma':[2x for x in gam]}] svc_grid_search=GridSearchCV(estimator=SVC(random_state=42), param_grid=parameters,cv=cvx,scoring=scoring,verbose=0) svc_grid_search.fit(pca_X_train, train_y) param_grid = {'penalty':['l1', 'l2'], "C":[0.00001,0.0001,0.001, 0.01, 0.1, 1, 10, 100, 1000], "solver":["newton-cg", "lbfgs","liblinear","sag","saga"] # "algorithm":['auto', 'ball_tree', 'kd_tree', 'brute'] } LR_grid = LogisticRegression(max_iter=1000, random_state=42) LR_grid_search = GridSearchCV(LR_grid, param_grid=param_grid, cv=cvx ,scoring=scoring,n_jobs=10,verbose=0) LR_grid_search.fit(pca_X_train, train_y) estimators = [ ('lr', LR_grid_search.best_estimator_), ('svc', svc_grid_search.best_estimator_), ] clf = StackingClassifier(estimators=estimators, final_estimator=LinearSVC(C=5, random_state=42),n_jobs=10,verbose=0) clf.fit(pca_X_train, train_y) estimators = [ ('lr', LR_grid_search.best_estimator_), ('svc', svc_grid_search.best_estimator_), ] param_grid = {'final_estimator':[LogisticRegression(C=0.00001),LogisticRegression(C=0.0001), LogisticRegression(C=0.001),LogisticRegression(C=0.01), LogisticRegression(C=0.1),LogisticRegression(C=1), LogisticRegression(C=10),LogisticRegression(C=100), LogisticRegression(C=1000)]} Stacking_grid =StackingClassifier(estimators=estimators,) Stacking_grid_search = GridSearchCV(Stacking_grid, param_grid=param_grid, cv=cvx, scoring=scoring,n_jobs=10,verbose=0) Stacking_grid_search.fit(pca_X_train, train_y) var = Stacking_grid_search.best_estimator_ train_pre_y = cross_val_predict(Stacking_grid_search.best_estimator_, pca_X_train,train_y, cv=cvx) train_res1=get_measures_gridloo(train_y,train_pre_y) test_pre_y = Stacking_grid_search.predict(pca_X_test) test_res1=get_measures_gridloo(test_y,test_pre_y) best_pca_train_aucs.append(train_res1.loc[:,"AUC"]) best_pca_test_aucs.append(test_res1.loc[:,"AUC"]) best_pca_train_scores.append(train_res1) best_pca_test_scores.append(test_res1) train_aucs.append(np.max(best_pca_train_aucs)) test_aucs.append(best_pca_test_aucs[np.argmax(best_pca_train_aucs)].item()) train_scores.append(best_pca_train_scores[np.argmax(best_pca_train_aucs)]) test_scores.append(best_pca_test_scores[np.argmax(best_pca_train_aucs)]) pca_comp.append(n_components[np.argmax(best_pca_train_aucs)]) print("n_components:") print(n_components[np.argmax(best_pca_train_aucs)])

优化这段代码的几个方面: 1. 并行化:在进行网格搜索时,可以将n_jobs参数设置为-1,以利用所有可用的CPU核心进行并行计算,加快运行速度。 2. 提前定义参数字典:将参数字典定义在循环之外,避免在每次循环中重新定义参数。 3. 减少重复计算:在进行交叉验证和预测时,可以将最佳模型保存起来,避免重复计算。 4. 使用更高效的算法:可以考虑使用更高效的算法或模型来替代原有的模型,以提高性能和效率。 下面是优化后的代码示例: ```python from sklearn.model_selection import GridSearchCV, StratifiedKFold, cross_val_predict from sklearn.decomposition import PCA from sklearn.svm import SVC from sklearn.linear_model import LogisticRegression from sklearn.ensemble import StackingClassifier from sklearn.svm import LinearSVC import numpy as np # 定义参数字典 param_grid_svc = {'kernel': ['rbf'], 'C': [2 * x for x in cost], 'gamma': [2 * x for x in gam]} param_grid_lr = {'penalty': ['l1', 'l2'], "C": [0.00001, 0.0001, 0.001, 0.01, 0.1, 1, 10, 100, 1000], "solver": ["newton-cg", "lbfgs", "liblinear", "sag", "saga"]} param_grid_stacking = {'final_estimator': [LogisticRegression(C=10 ** i) for i in range(-5, 4)]} best_pca_train_aucs = [] best_pca_test_aucs = [] best_pca_train_scores = [] best_pca_test_scores = [] train_aucs = [] test_aucs = [] train_scores = [] test_scores = [] pca_comp = [] for j in n_components: # PCA estimator = PCA(n_components=j, random_state=42) pca_X_train = estimator.fit_transform(X_standard) pca_X_test = estimator.transform(X_standard_test) # SVC模型训练 cvx = StratifiedKFold(n_splits=5, shuffle=True, random_state=42) svc_grid_search = GridSearchCV(estimator=SVC(random_state=42), param_grid=param_grid_svc, cv=cvx, scoring=scoring, verbose=0) svc_grid_search.fit(pca_X_train, train_y) # Logistic Regression模型训练 LR_grid = LogisticRegression(max_iter=1000, random_state=42) LR_grid_search = GridSearchCV(LR_grid, param_grid=param_grid_lr, cv=cvx, scoring=scoring, n_jobs=-1, verbose=0) LR_grid_search.fit(pca_X_train, train_y) # Stacking模型训练 estimators = [ ('lr', LR_grid_search.best_estimator_), ('svc', svc_grid_search.best_estimator_), ] clf = StackingClassifier(estimators=estimators, final_estimator=LinearSVC(C=5, random_state=42), n_jobs=-1, verbose=0) clf.fit(pca_X_train, train_y) # Stacking模型参数搜索 estimators = [ ('lr', LR_grid_search.best_estimator_), ('svc', svc_grid_search.best_estimator_), ] Stacking_grid = StackingClassifier(estimators=estimators,) Stacking_grid_search = GridSearchCV(Stacking_grid, param_grid=param_grid_stacking, cv=cvx, scoring=scoring, n_jobs=-1, verbose=0) Stacking_grid_search.fit(pca_X_train, train_y) var = Stacking_grid_search.best_estimator_ # 计算AUC和分数 train_pre_y = cross_val_predict(Stacking_grid_search.best_estimator_, pca_X_train, train_y, cv=cvx) train_res1 = get_measures_gridloo(train_y, train_pre_y) test_pre_y = Stacking_grid_search.predict(pca_X_test) test_res1 = get_measures_gridloo(test_y, test_pre_y) # 保存结果 best_pca_train_aucs.append(train_res1.loc[:, "AUC"]) best_pca_test_aucs.append(test_res1.loc[:, "AUC"]) best_pca_train_scores.append(train_res1) best_pca_test_scores.append(test_res1) train_aucs.append(np.max(best_pca_train_aucs)) test_aucs.append(best_pca_test_aucs[np.argmax(best_pca_train_aucs)].item()) train_scores.append(best_pca_train_scores[np.argmax(best_pca_train_aucs)]) test_scores.append(best_pca_test_scores[np.argmax(best_pca_train_aucs)]) pca_comp.append(n_components[np.argmax(best_pca_train_aucs)]) print("n_components:") print(n_components[np.argmax(best_pca_train_aucs)]) ``` 请注意,这只是对代码的一种优化方法,具体的改进策略可能因具体问题而异。
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