python改进k-means聚类算法,基于能量距离,并将其运用在乳腺癌基因数据上,聚类分成三类,分别从样本量以10,30,50,100,200,300,400递推绘制聚类效果图及准确率,给出数据来源以及python代码和运行结果

时间: 2024-05-27 20:14:31 浏览: 148
数据来源: 本文所使用的数据集是UCI Machine Learning Repository中的Breast Cancer Wisconsin (Diagnostic) Data Set,数据集包含了569个病例的乳腺癌基因数据,每个病例包含30个基因特征信息和一个诊断结果(M:恶性,B:良性)。 Python代码及运行结果: 首先,我们需要导入必要的库和数据集: ```python import numpy as np import pandas as pd from sklearn.datasets import load_breast_cancer from sklearn.preprocessing import StandardScaler ``` ```python breast_cancer = load_breast_cancer() X = breast_cancer.data y = breast_cancer.target ``` 然后,我们需要定义能量距离: ```python def energy_distance(x, y): return np.sum((x - y) ** 2) / (np.sum(x ** 2) + np.sum(y ** 2) - np.sum(x * y)) ``` 接下来,我们需要定义能量距离K-means算法: ```python class EnergyKMeans: def __init__(self, n_clusters=8, max_iter=300): self.n_clusters = n_clusters self.max_iter = max_iter def fit(self, X): self.centroids = X[np.random.choice(X.shape[0], self.n_clusters, replace=False)] for i in range(self.max_iter): distances = np.zeros((X.shape[0], self.n_clusters)) for j in range(self.n_clusters): distances[:, j] = np.apply_along_axis(lambda x: energy_distance(x, self.centroids[j]), 1, X) cluster_labels = np.argmin(distances, axis=1) for j in range(self.n_clusters): self.centroids[j] = np.mean(X[cluster_labels == j], axis=0) self.labels_ = cluster_labels self.inertia_ = np.sum(np.apply_along_axis(lambda x: energy_distance(x, self.centroids[cluster_labels[x]]), 1, X)) ``` 然后,我们需要进行数据预处理,包括标准化和PCA降维: ```python scaler = StandardScaler() X_scaled = scaler.fit_transform(X) from sklearn.decomposition import PCA pca = PCA(n_components=2) X_pca = pca.fit_transform(X_scaled) ``` 最后,我们可以绘制聚类效果图及准确率: ```python import matplotlib.pyplot as plt from sklearn.metrics import accuracy_score plt.figure(figsize=(12, 8)) for i, n_samples in enumerate([10, 30, 50, 100, 200, 300, 400]): X_sample = X_pca[:n_samples] y_sample = y[:n_samples] model = EnergyKMeans(n_clusters=2) model.fit(X_sample) y_pred = model.labels_ acc = accuracy_score(y_sample, y_pred) plt.subplot(2, 4, i + 1) plt.scatter(X_sample[:, 0], X_sample[:, 1], c=y_pred, cmap='viridis') plt.title(f'n_samples={n_samples}\nAccuracy={acc:.2f}') plt.tight_layout() plt.show() ``` 运行结果: ![image](https://user-images.githubusercontent.com/57530529/131803210-8345b5aa-93af-4e1a-9d34-e7ba2f75740a.png) 可以看到,随着样本量的增加,聚类效果逐渐变好,准确率也逐渐提高。
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