一份webpack.config.js文件可以打包出两份不同的build文件吗？

是可以的。在 webpack 配置中，可以通过使用多个入口点和输出配置来实现这一目的。每个入口点都会生成一个对应的输出文件。例如：

module.exports = {
  entry: {
    main: './src/main.js',
    second: './src/second.js'
  },
  output: {
    path: path.resolve(__dirname, 'dist'),
    filename: '[name].js'
  }
}

这样就会生成两个文件分别是 main.js, second.js.
其中，entry 中的属性 main 和 second 分别对应生成的文件名