函数或变量'distance_refer’无法识别。
时间: 2023-07-15 10:13:43 浏览: 61
这个错误提示通常表示你的代码中使用了一个未定义的函数或变量。请检查你的代码,看看是否有拼写错误、缺少必要的库或文件等问题。如果你确定函数或变量是存在的,那么可能是因为你没有正确地包含相关的头文件或源文件,需要添加正确的 include 或者链接库。如果你无法解决问题,请提供更多的代码细节和错误信息,以便进行更具体的帮助。
相关问题
SampleID=JN_1901 Blast_out=/Analysis_B/20220326_JNILI/006_blastx/ Diamond_Refer="/home/Reference_database/Diamond_blastx_nr/Diamond_nr.dmnd" Diamond_file_in=/Analysis_B/20220326_JNILI/004_Trinity/JN_1901_trinity.fa #### 003 #### cd ${Blast_out} source activate yerunze_diamond diamond blastx -d ${Diamond_Refer} -p 16 -q ${Diamond_file_in} -o ${SampleID}_blastx --outfmt 6 qtitle qlen sseqid pident length qstart qend evalue bitscore staxids stitle salltitles sscinames -e 1e-5 -k 1 -b5 -c1这段代码什么意思
这是一段基于Diamond软件进行blastx比对的代码。Diamond是一款高效的序列比对软件,可以在较短时间内完成大规模序列比对任务。
具体来说,这段代码的作用是对输入的JN_1901_trinity.fa文件进行blastx比对,比对的参考数据库为Diamond_nr.dmnd。比对结果将以outfmt 6的格式输出到文件JN_1901_blastx中,包括查询序列ID、长度、匹配的参考序列ID、匹配度、匹配长度、查询序列起始和终止位置、E值、比特分数、参考序列分类信息等。比对时使用了16个线程,设置了一些参数如-e 1e-5表示E值阈值为1e-5,-k 1表示输出最佳匹配,-b5表示输出最多5个相似序列,-c1表示输出序列分类信息。
ori_df = pd.read_excel(in_file) refer_df = pd.read_excel(in_file, sheet_name=1) filtered_df = refer_df.join(ori_df.set_index(ori_df.columns[0]), on=refer_df.columns[0], how='inner')
这是一段 Python 代码,它的作用是什么?
这段代码首先通过 Pandas 库读取一个 Excel 文件,并将其存储到一个名为 ori_df 的变量中。然后,它使用同样的方法读取同一文件的第二个工作表,并将其存储到一个名为 refer_df 的变量中。
接下来,代码通过 join() 函数将 refer_df 和 ori_df 进行连接,连接的方式是将 refer_df 的第一列与 ori_df 的第一列进行匹配,并返回匹配后的结果。具体来说,ori_df.set_index(ori_df.columns[0]) 的作用是将 ori_df 的第一列设置为索引列,然后 on=refer_df.columns[0] 指定了用 refer_df 的第一列进行匹配。最后,how='inner' 表示只保留匹配后的结果,即两个表格中都存在的行。结果被存储在 filtered_df 变量中。
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